福建省地方海事局、福建省船舶检验局与
福建省港航管理局合署办公，实行“三块牌子、一套班子”的管理模式，为
福建省交通运输厅直属具有行政管理职能参照公务员法管理的正处级机构。负责具体实施全省港口、航道、水路运输等管理工作，承担内河水上交通安全监管、内河船舶和水上设施检验等工作。局机关内设个处室，分别为：办公室、政策法规处、港航规划处、建设管理处（水路交通战备办公室）、港口与航道运行处（港口物流处）、航运管理处（台办）、海事管理处（内河航运搜救协调中心）、船舶检验处、船舶技术处（船舶审图中心）、科教信息处、政治处（人事处）、财务处、监察审计处、离退休工作处。直属单位为福建省港航勘察设计院。（今后中国人民解放军驻福建省航务军代处也将挂靠福建省地方海事局开展工作）。