福建省农业科学院食用菌研究所是福建省食用菌科研中试基地、福建省双孢蘑菇技术工程研究中心、
福建省食用菌学会、中国菌物学会食用菌专业委员会的直接依托单位，由福建省农业科学院从事
食用菌研发的主要单位：福建省蘑菇菌种研究推广站、植保所应用
真菌研究室、土肥所食用菌开发应用研究中心和农业工程所食用菌研究课题组等合并组成。据有关资料显示，福建省农业科学院食用菌研究所占地约7200平方米，建筑面积4300平方米，拥有各类实验室、中试生产车间、周年栽培菇房及配套仪器设施，
固定资产3000多万元
据有关资料显示，福建省农业科学院食用菌研究所拥有国家级有突出贡献的中青年专家、国家百千万人才第一、二层次专家、
国务院特殊津贴专家在内的科技人员40人，其中正高3名，副高9名，
博士（生）1人，
硕士（生）9人。建立了省、地（市）、县三级科研、推广网络。与美国Sylvan公司等国内外同行开展了合作研究，建有国家级和省级科技创新与国际交流平台5个。
福建省农业科学院食用菌研究所设置食（药）用菌种质资源与遗传育种研究室，食（药）用菌工厂化制种技术与设施研究室，食（药）用菌栽培与病虫害防治技术研究室，珍稀食（药）用菌工厂化生产技术研究室，特色食（药）用菌加工技术研究室和综合办公室。
福建省农业科学院食用菌研究所主要研究方向包括特色食用菌和药用菌种质资源收藏、鉴定与遗传育种，工厂化制种技术与设施研发，标准化栽培技术开发与应用，珍稀食用菌工厂化生产与加工技术，特色食用菌保健与药用产品研发等应用技术研究。
据有关资料显示，福建省农业科学院食用菌研究所选育并保藏各类食用、药用菌近1000株，其中
双孢蘑菇种质资源量占世界第3位。承担的国际合作（中美）、国家基金、国家科技攻关、国家科技支撑、948等国家级项目和省部级重大或重点食用菌科学研究和技术开发课题200多项，涉及种质资源、遗传育种、生理生化、病毒研究、标准化栽培及保鲜加工等领域。已获鉴定达国际领先或先进21项，国内领先或先进67项，为中国食用菌产业的发展研发出百多项科技成果，90%的科研成果已经在我省食用菌生产中应用，并辐射到全国。获得国家和省部级科技奖36项，其中国家级科技进步奖、发明奖和科技攻关奖3项，获国家农业部、国家检验检疫局、原国家轻工业部、福建省科技进步奖一等奖1项，二等奖9项，三等奖12项，其他奖11项。在国内外发表论文600多篇，60多次应邀参加在美国、英国、德国、日本等地召开的国际性学术会议，并宣读论文。多次获得国家和省级优秀论文奖。申请和获得国家专利10余项，有10多个品种获得国家级或省级食用菌品种认定或审定。产生的社会经济效益数百亿元，应用研究与开发实力位于全国前列，为福建省食用菌产业发展水平领先于全国，为中国食用菌产业规模领先于世界做出了突出的贡献。尤其在双孢蘑菇方面，建立起国内第一个双孢蘑菇遗传变异模式和
杂交育种体系并申请专利，培育出杂交新菌株As2796系列占全省蘑菇用种量的95%，全国的80%。1989年以来，累计推广16亿多平方米，生产鲜菇1600万吨，新增菇农收入700多亿元，新增出口38亿美元。福建省已成为世界双孢蘑菇科学研究、栽培生产与加工出口的中心之一。