万历四十七年己未科中式，赐同进士出身。历任山东曹县、文登知县，为人徇私纳贿，以贪财著称。

御史陈九畴荐入京城递补，吏部尚书赵南星卑视其人，仅授王府长史职。后依附魏忠贤，成为“十孩儿”之一。官至御史，立即上疏攻击赵南星及李三才、顾宪成、孙丕扬、曹于汴、汤兆京、王宗贤、张问达、王图、胡忻、王元翰、王淑抃、王允成、涂一榛、王象春等十五人，“锻成杨、左之狱，咆哮特甚”。后因醉酒时下令伶人演出《刘瑾酗酒》一剧，魏良卿将此事回报，忠贤大怒，削其职。忠贤死后，石三畏反以此为功，成为御史，又被揭发真相，再被削职。