病毒基因工程国家重点实验室是国家计委科技局于1987年依托中国医学科学院/北京协和医学院病原生物学研究所建设的，1989年通过国家验收并正式开放运行。实验室主要从事分子病毒学和病毒基因工程的应用基础研究。实验室遵循 开放，联合，流动的办室方针。

病毒基因工程国家重点实验室依托中国医学科学院/北京协和医学院病原生物学研究所，实验室始建于1987年，采取边建设、边开放的方针，于1989年通过验收并正式开放运行。1993年、1996年连续两次被评为优秀国家重点实验室，2001年被评为良好。现任实验室主任为金奇研究员；学术委员会主任暂由侯云德院士代理。

实验室主要从事分子病毒学和病毒基因工程的应用基础研究。主要研究内容包括：

（1）病毒相关新型细胞因子基因工程；

（2）新型病毒疫苗与抗体工程；

（3）我国重要病毒的结构与功能；

（4）病毒等微生物的基因组工程；

（5）新型病毒载体与病毒基因元件的研究；

（6）病毒及其受体的单核苷酸多样性和病毒芯片。

建室以来，实验室科研成果累累：

第一，在基因组工程研究方面，完成了最大的动物病毒——我国痘苗病毒天坛株以及禽腺病毒、肠道病毒71等基因组全序列的测定与分析之后，又在国际上首先完成引起我国常见病痢疾的病原菌——福氏痢疾杆菌2a基因组的全序列测定与分析，并有多项重大发现；

第二，对丙型肝炎病毒基因组的结构与功能进行了系统研究, 初步阐明了丙型肝炎病毒致癌的分子基础；

第三，在国际上首先发现并证明大肠杆菌增强子样序列，并利用这项发现应用于基因工程药物的开发研究,研制成功两种通用性强的新型大肠杆菌高效表达载体，成为国内基因工程室最长用的生物材料之一；

第四，在抗病毒研究方面，研制成功基因工程人α型干扰素系列产品，成为我国第一批投放市场的高新技术产品，其中a1b型干扰素系I类新药，属我国首创，用于治疗我国常见病、多发病；在中药抗病毒的研究方面，首次发现中药黄芪的抗病毒感染作用，并阐明了黄芪与干扰素在抗病毒作用上的协同作用。

实验室先后获得省部级以上奖项40余项，其中国家科技进步一等奖1项，国家科技进步二等奖7项，国家自然科学二等奖1项，国家发明三等奖1项，国家自然科学四等奖1项，卫生步科技进步一等奖10项；先后获新药证书9个；在国内外包括Cell、Science等著名学术刊物上发表科研论文近500余篇、专著10余册，专利50余项，培养博士研究生百余人。从本实验室出国深造的人员有150人左右。

多年来，实验室培养了一批优秀青年科技人才，其中突出的有：金奇，金冬雁, 吴小兵等，现均已成为科研工作中的领军人物。金奇研究员担任实验室常务副主任，为973计划“严重传染病防治基础研究”项目首席科学家、863计划生物信息专家组组长等多项要职；荣获国家自然科学奖、国家发明奖及美国“人类健康与服务部部长奖”和James H.Nakano杰出科技论文奖等多项奖励，并获得国家杰出青年科学基金和国家“有突出贡献的中青年专家”等称号。

多年来，实验室的研究成就在国内外产生了很大的影响，获得国内外同行的高度评价。在1995年12月Science的“中国科学”专栏中，曾载文对本实验室进行介绍；多年来，全国约有200多个实验室使用了本实验室研制的生物材料；1989年以来国内批准上市的基因新药中有一半使用了本实验室的研究成果，并在华北制药、深圳科兴等一批国内知名制药企业建立了成果转化基地，从而为我国生物高技术产业的发展作出了重要的贡献。

2011年生物科学领域和医学科学领域国家重点实验室评估结果发布，病毒基因工程国家重点实验室为较差类实验室。较差类国家重点实验室将不再列入国家重点实验室序列。