申朝纪（？-1648年），辽东（今辽宁省境）人，隶属汉军镶蓝旗，中国清朝初期官员。

天聪八年（1634），授刑部启心郎。文馆朱延庆疏陈时事，推荐申朝纪温雅正直，练达世务，处家俭，守身约，讷言敏行，足任鸿钜。

崇德元年（1636），赐内院学士、六部启心郎以下诸臣人户牲畜，分四等，申朝纪得二等优赐。

顺治元年（1644）七月，授河南河北道，驻怀庆。李自成之党二万馀来犯，申朝纪登陴守御，昼夜不少懈，有渠乘白马薄壕，麾众攻城，申朝纪举炮殪之，贼悉惊窜。

顺治二年（1645）七月，擢江南布政使。十一月，擢山西巡抚。顺治三年（1646），疏言：“驿递累民，始自明季，计粮养马，按亩役夫。臣禁革驿递滥应、里甲私派。请饬勒石各驿，永远遵守，俾毋蹈前辙。”又疏言：“各省驿站银旧额十五万有奇，明季裁充兵饷。驿费不足，辄私派於民。请敕部复原额。”又疏言：“赋役全书应裁、应留诸项，请覈实详酌，俾有司不得私徵滥派。”疏并下部议行。

顺治四年（1647）四月，阳城民王希尧、贾国昌等以邪教倡乱，申朝纪遣中军都司白璧同冀南道武延祚率兵捕治，悉诛王希尧、贾国昌等。五月，汾州营卒李本清、任自兴等据永宁铜柱寨为乱，申朝纪赴汾州指挥调度，遣冀宁道王昌龄督兵，同参将张国缨、游击高国盛等率兵捕治，获李本清等，焚其寨。六月，宁乡民杨春畅等复以左道据冷泉寨为乱，申朝纪遣平阳营副将范承宗等讨平之。七月，擢宣大山西总督。

顺治五年（1648）三月，卒于任，祀山西名宦祠。