生理性消化不良指由于新生儿的消化系统如口腔、食管、胃、肠、肝、胰腺、肠道细菌等都处于发育不成熟阶段，在进食过程中，或者之后发生的一系列不适症状，一般婴儿无清楚主诉，表现为哭闹、
烦躁不安等，父母可通过婴儿大便和体征表现等发现。
新生儿口腔黏膜薄嫩，血管丰富，唾液腺发育不够完善，唾液分泌少，口腔黏膜干燥，易受损伤和细菌感染；3-4个月时唾液分泌开始增加，5-6个月时明显增多。3个月以下小儿唾液中淀粉酶低下，不宜喂
淀粉类食物。婴儿口底浅，不会及时吞咽所分泌的全部唾液。常发生生理性流涎。
功能主要是：1、推进食物和液体由口入胃，2、防止吞下期间胃内容物反流。新生儿的食管呈漏斗状，黏膜纤弱，腺体缺乏，弹力组织及肌层尚不发达，食管下段喷门括约肌发育不成熟，控制能力差，常发生胃食管反流，绝大多数在8至10个月时症状消失。婴儿吸奶时常吞咽过多空气，易发生溢奶。
新生儿胃容量30-60ml，1-3个月是90-150ml，1岁时250-300ml，故年龄越小，每天喂食的次数就越多。婴儿胃呈水平状态，开始行走是胃呈垂直。胃平滑肌尚未完善，在充满液体事物后易使胃扩张，由于喷门肌张力低，幽门括约肌发育较好，且自主神经调节差，故易引起有门痉挛出现呕吐。
肠黏膜细嫩，富有血管和淋巴管，小肠绒毛发育良好，肌层发育差。肠系膜柔软而长，黏膜下组织松弛。尤其结肠无明显
结肠带与脂肪垂，
升结肠与后壁固定差，易发生肠扭转和
肠套叠。
年龄越小，肝脏相对越大。婴儿肝脏结缔组织发育较差肝细胞再生能力强。不易发生肝硬变，但易受缺氧，感染，药物中毒等影响，引起病变。婴儿时期的胆汁分泌少，故对脂肪的消化吸收能力差。
分为内分泌和外分泌两类，前者分泌胰岛素控制糖代谢，后者分泌胰腺液，内含各种消化酶，与胆汁及小肠的分泌物互相作用，共同参与对蛋白质、脂肪、
碳水化合物的消化。
在母体内，胎儿的肠道是无菌的，生后数小时细菌即从空气，奶头，用具等经口、鼻、肛门入侵肠道，一般情况下，胃内基本无菌，十二指肠和上部小肠也较少，结肠和直肠细菌最多。
肠道菌群受事物成分影响，单纯母乳喂养儿以双歧杆菌占绝对优势，人工喂养和混合喂养儿肠内的
大肠杆菌、嗜酸杆菌、
双歧杆菌及肠球菌所占比例几乎相等。正常肠道细菌对致病菌有一定的拮抗作用。
消化功能紊乱时，肠道细菌大量繁殖可进入小肠甚至胃内而致病。