生物转化作用（biotransformation）是指药物在发挥药效后要排出体外时，所产生的结构改变。生物转化是机体对外源化学物处置的重要的环节，是机体维持稳态的主要机制。肝脏是生物转化作用的主要器官，在肝细胞微粒体、胞液、线粒体等部位均存在有关生物转化的酶类。其它组织如肾、胃肠道、肺、皮肤及胎盘等也可进行一定的生物转化，但以肝脏最为重要，其生物转化功能最强。

某些异物可以影响机体内同生物转化作用有关的酶的活动，这种影响为酶的抑制。有些异物可以使一些酶的活力降低，从而降低异物的代谢速度，使其在体内的滞留时间延长，毒性增强。例如对硫磷的代谢物对氧磷能够抑制催化马拉硫磷水解的羧酸酯酶，使马拉硫磷的水解速度减慢，毒性增强。生物转化作用是指外源化学物在机体内经多种酶催化的代谢转化作用。

毒性化学物质若是水溶性物质，则可由肾脏排出。若为脂溶性物质，则需要经过代谢过程后才能够由肾脏排出。目的是将非极性的物质，转变成为极性的物质；脂溶性高的转化成脂溶性低的物质，以便被肾脏过滤或分泌排出去。而肝脏是体内负责生物转化作用最主要的器官。

生物修复（英语：Bioremediation）是一种使用生物体来移除或中和污染现场内污染物的技术。根据美国国家环境保护局的定义，生物修复是一种“使用自然产生的生物体来把有害物质分解成毒性较低或无毒物质的处理方法”。生物修复技术一般可被分为“原地”（in situ）和“异地”（ex situ）。原地生物修复在现场处理污染材料，而异地生物修复则把污染材料带往其他地方处理。与生物修复相关的技术还包括植物修复、生物通风、生物滤化、土地耕耘、生物反应器、堆肥、生物强化、根滤作用和生物刺激。