生物安全性是指生物体对人是否安全，一般特指生物体经过
基因工程改造后对人是否还依然安全。
基因工程改造过的生物及产品基本都是安全的，这当然与各国政府制定相关法规以及各国科学家的共同努力分不开。以农业上应用的基因工程为例，迄今为止，只发现一例有明显的副作用，即
巴西坚果中有一种基因，它制造一种称为清蛋白的蛋白质，科学家们把这种基因转到农作物中以期提高农产品中的
蛋白质含量从而提高品质。结果发现，蛋白质含量提高了，但有些人对这种新加入的蛋白质过敏，因此，这种基因后来不再用于基因工程。
有的人还担心有些基因工程改造过的生物其危害恐怕不是短时间可看到的，例如在农业上人们已经通过基因工程获得了抗各种除草剂的农作物，这种基因工程农作物种到地里，洒上除草剂，杂草全被杀死，农作物照样茁壮成长，但是有人担心，随着这种基因工程农作物的花粉四散飘飞，与其他的杂草进行授粉，几代以后杂草就有可能抗除草剂，如果这样，杂草就更加难以杀死了。还有在“基因工程”中提到的棉钤虫的毒素蛋白基因，它对人及其他哺乳动物的毒害作用还没有看到，又有谁肯定没有长期效用呢？用含有这种毒素蛋白的棉花织成布，穿在人身上整天在身上蹭来蹭去，是否有害？历史上很多事例说明，有些副作用是人们难以及时发觉的，如DDT农药、使用四环素造成的四环素牙等。
还有一些反对基因工程的人士主要是由于宗教信仰等其他原因。例如有人信教，认为物种都是上帝创造的，改造物种和DNA，就是要改变上帝创造的物种，因而坚决反对；有的人是素食主义者，不食荤是他们的一种生活原则，而把动物某种基因转入植物，使它们在食素时“无意”中吃到了“动物蛋白”，这显然违背了他们的原则；还有的人是动物保护主义者，它们认为任意对动物进行基因改造，侵害了动物的“人权”等。
虽然有众多争议，基因工程的发展仍然日新月异。在有些国家，基因工程农产品已经上市，我国也很快会有基因工程农产品上市。应该说，只要完善基因工程研究和开发的管理，严格遵守有关基因工程操作和适当的法律法规，就能把基因工程和危险降至最小（如果有的话），更好地为人类造福。