甘薯软腐病是由匍枝根霉（还包括黑根霉菌、小麦根霉）引起的、发生在
甘薯的病害。主要为害薯块，病原先从伤口侵入薯块内部发展，病薯软腐、多水、手不易拿起，后软腐面积呈水渍状扩大，流出淡黄色汁液。
甘薯软腐病病原为匍枝根霉（学名：Rhizopus stolonifer (Ehrenb. ex Fr.) Vuill.），又称黑根霉，属
接合菌亚门、
毛霉目、
根霉属真菌。菌丝初无色，后变暗褐色，形成匍匐枝，有假根，无性态由匍匐枝节处簇生
孢囊梗，直立，暗褐色，顶端着生球状
孢子囊1个，囊内产生很多暗色圆形孢子，单胞，大小为11-14微米，由匍匐枝的节处又形成孢囊梗。有性态产生黑色
接合孢子，球形表面有突起。菌丝生长发育温度以23-28℃为最适，而孢子萌发在20-30℃时最快。发病适温为15-23℃，最低3-7℃，最高29-34℃。病菌抗高温能力很差，在35℃经10分钟就被杀死。此菌属于半死物寄生菌，一般不侵染生活力强的健康寄主组织。
此外，
黑根霉菌（学名：Rhizopus nigricans Ehrh.）和小麦根霉（学名：Rhizopus tritici Saito）也是该病病原。
病原先从伤口侵入薯块内部发展，病薯软腐、多水、手不易拿起。后软腐面积呈水渍状扩大，流出淡黄色汁液。受害薯肉淡黄白色，并散发出芳香酒味。后期病部长出灰白色霉状物，霉状物逐渐变暗色或黑色，最后病部表面长出大量灰黑色菌丝及孢子囊，黑色霉毛污染周围病薯，形成一大片霉毛，病情扩展迅速，2-3天整个薯块即呈软腐状，发出恶臭味。若周围薯块无严重伤口，则病原无法侵入到薯块的内部。
病菌可以接合孢子休眠，渡过不良环境，但这不是主要的侵染来源；主要的侵染来源是以菌丝在残余组织或土壤中腐生，以后形成孢子囊，放出大量的孢囊孢子，随气流传播，自伤口侵入寄主。孢囊孢子适应性很强，繁殖很快，可以不断引起再次侵染。孢子囊也能长期存活。
甘薯软腐病的发生和发展受多种因素影响，但薯块受冻、受伤是发病的主要原因。如收挖过迟，窖温长期保持在10℃以下或因管理不善，有霜风侵入等，都会使薯块受冷冻，因而生活力减弱。在收挖、运输、入窖过程中造成的锄伤、擦伤、碰伤、断鼻等，因入窖后温度低，不利伤口愈合，招致病菌侵染，也能引起甘薯软腐病流行。