中心主要承担着全省
传染病、
地方病、
职业病、
慢性非传染性疾病的预防控制；突发公共卫生事件应急处理；
食品卫生、
学校卫生、职业卫生、放射卫生、公共场所卫生监测；健康相关产品卫生检测检验；健康教育及部分疾病的治疗以及疾病预防控制科学研究和疾病预防控制人员的培训工作。2007年，包括食品、化妆品、生活饮用水与涉水产品、消毒产品和
环境卫生、
职业卫生、放射卫生以及疾病预防控制等方面共4大类471项检验检测项目通过国家认监委的认证。中心是
兰州大学、
西北师范大学、
甘肃农业大学的实践教学基地和学生就业实训基地。
中心自2001年成立以来，至2008年底，有47项科研课题通过省科技厅组织的鉴定，达到国内领先或先进水平，有34项课题分获甘肃省科学技术进步二、三等奖及甘肃省医学科技进步二、三等奖。有495篇科技论文在省级以上专业杂志上发表。中心多次受到上级部门的表彰：2003年中心被中组部、卫生部等多部门授予
抗击非典先进集体称号；2004年中心被人事部、
卫生部、
国家中医药管理局联合授予全国卫生系统先进集体称号；2007年中心被省政府授予防治艾滋病工作先进集体称号；2008年中心被卫生部授予抗震救灾先进集体称号。