王小棣从中国文化大学戏剧系毕业后，赴美获得美国德州三一大学剧场硕士，之后进入旧金山大学修习电影。1979年，中止在旧金山州立大学修习的电影硕士学位，回台湾工作；同年，成立民心影视公司。1982年，担任战争电影《
血战大二胆》的副导演和部份编剧。1986年，执导由
叶雯、
庞祥麟共同主演的现代剧《天伦梦回时》。
1987年，担任喜剧电影《
稻草人》的编剧，该片由
王童执导，入围第24届台湾电影金马奖最佳原创剧本奖。1988年，执导由
林秀玲、
杨洁玫、
谢屏楠联合主演的爱情剧《再给我一次机会》。
1989年，担任剧情电影《
香蕉天堂》的编剧，该片入围第26届金马奖最佳原著剧本奖；同年，与
江丰宏、
蔡明亮联合执导家庭剧《全家福》。
1992年2月10日，与黄黎明成立了稻田电影工作室。1995年，担任喜剧电影《热带鱼》的制片人，该片由
陈玉勋自编自导。1996年，执导个人首部电影《
飞天》，该片获得第1届釜山国际电影节主竞赛单元-新浪潮奖。1997年，担任喜剧电影《
我的神经病》的编剧，该片入围第34届台湾电影金马奖最佳原创剧本奖、第15届加拿大温哥华国际影展“青年导演龙虎奖”。
1998年，执导由
文英、
庄博文合作配音的动画片《
魔法阿妈》，该片不仅入围了第35届台湾电影金马奖最佳动画电影奖，而且还获得了台北电影节商业类年度最佳影片奖。1999年，执导根据作家施叔青同名小说改编的短片《
台湾玉》。2000年12月25日，由其执导的医疗剧《
大医院小医师》播出，该剧由
窦智孔、
江祖平等合作主演。
2004年，担任家庭电影《
拥抱大白熊》的编剧，该片入围第41届台湾电影金马奖最佳原创剧本奖，她凭借该片获得第5届华语电影传媒大奖最佳编剧奖；同年，执导现代剧《
绝地花园：八个罕见病友的真情故事》。2005年，执导由
林佑威、
蓝正龙、
黄柏文联袂主演的爱情剧《
45度℃天空下》；同年，执导由
周幼婷、蓝正龙共同主演的爱情剧《
赴宴》。
2007年，担任伪纪录片《
情非得已之生存之道》的制片人，该片由
钮承泽、
张钧甯共同主演；同年，担任爱情剧《
我在垦丁天气晴》的编剧，她凭借该剧获得第43届台湾电视金钟奖戏剧节目编剧奖。2008年10月3日，执导的爱情青春剧《
波丽士大人》在台视首播，该剧以台湾警察为背景，讲述了几个警校年轻人的青春热血故事。
2010年9月17日，执导的剧情电影《
酷马》在中国台湾上映，该片由蓝正龙、
黄远合作主演。2011年，与多位导演共同参与创作电影计划《
十加十》，并执导短片《释放》。
2013年，与安哲毅共同执导励志剧《
刺猬男孩》，该剧由
何以奇、
李佳颖、
钟承翰联合主演，讲述了几个来自失亲或失能家庭的少年，从触法到自省的成长故事，她凭借该剧获得第49届台湾电视金钟奖戏剧节目编剧奖。2014年，自编自导家庭短片《剪刀石头布》。2015年，执导奇幻短片 《大象》；同年，与多位导演联合执导剧情影集《
阅读时光》。
2016年，执导由蓝正龙、
郑家榆、
叶星辰联袂主演的悬疑电影《
姜老师，你谈过恋爱吗？》；10月7日，执导的爱情剧《
荼蘼》在TTV首播，该剧讲述了任职于泡面公司的郑如在事业与爱情之间艰难选择的故事；同年，与多位台湾导演联合执导短片《行走的树》；此外，还监制了剧情电影《女人可以与不能决定的事》，该片由
王明台执导，
陈季霞主演。
2017年4月14日，执导的惊悚剧《梦里的一千道墙》播出，该剧由
莫允雯、徐钧浩合作主演。
王小棣个头不高， 总以短发、衬衫、短裤打扮，发型举止十足男性化，不笑时看似严肃，却是一位敏感的性情中人。她丰沛情感总能感染旁人，十分擅长指导非职业性演员，通过作品让他们流露出自然平实的感情，用场面调度与演员的即兴表演，挖掘不同年龄层的孩子在自我认同与人际关系中所遭遇的最大困难。由于敏锐的视角和编导的想象力，将理想寄托在影像中对青少年的期望上。以影像作为她与人沟通的工作，不停实践自己的梦想。由不同故事中的戏剧人物，传达她所追求的艺术理念，全面的创作脉络、丰沛的人文精神，打破人际隔阂，达到观照社会的创作宗旨。她的作品总有无比的亲切感，也落实了她本人渴慕与生活对话的各种可能性（《当代电影》评）。