熊本藩是日本江户时代的一个藩。藩厅位于熊本城，领地跨越肥后国及丰后国。藩主是加藤氏及细川氏。自加藤氏失势后，由细川氏管理到明治时代

在九州征伐后，熊本藩的范围大概包括加藤清正的隈本领地(北肥后)和小西行长的宇土领地(南肥后)。后者在关原之战参加西军，因战败后被德川军处死，其领土分配给加藤清正，成为52万石大名，清正时代建造熊本城，在清正管治期间，风评良好，后世称他为“清正公”。1632年，第二代藩主忠广因德川忠长事件而被处分，分配到出羽国羽冈藩，肥后熊本藩改由新领主细川氏(原丰前小仓39万石大名)管治，同时将天草半岛约2万石重新纳入熊本藩。直到废藩置县为止，由细川氏所管治。

在管治初期，召回不少加藤氏家臣及肥后国人。第二代藩主光尚早年死亡。第三代藩主纲利7岁就任。1747年第五代藩主宗孝在江户被7000石旗本板仓胜该斩死，自此将家纹改变。

1755年开设藩校时习馆，重贤进行改革，成功将熊本藩中兴。幕末时代藩内分为勤王党、时习馆党、实学党等。

1870年末代藩主护久，支持实学党，控制了藩政。1871年废藩置县后，原有领地成为了熊本县的行政区划。

加藤家

外样 52万石

清正（1587年-1611年）

忠广（1611年-1632年）

细川家

外样 54万石

忠利（1633年-1641年）

光尚（1641年-1649年）

纲利（1649年-1712年）

宣纪（1712年-1732年）

宗孝（1732年-1747年）

重贤（1747年-1785年）

治年（1785年-1787年）

齐兹（1787年-1810年）

齐树（1810年-1826年）

齐护（1826年-1860年）

韶邦（1860年-1870年）

护久（1870年-1871年）

熊本藩有两个支藩，分别是宇土藩及熊本新田藩（后改称高濑藩）。

宇土藩

1646年设立。藩厅位于宇土，藩厅位于宇土城的遗址，细川光松的从弟行孝被分为3万石，六代藩主立礼及立政曾继承熊本藩成为藩主。1870年与熊本藩合并而废藩。

细川氏、外样3万石

行孝（1646年-1690年）

有孝（1690年-1703年）

兴生（1703年-1735年）

兴里（1735年-1745年）

兴文（1745年-1772年）

立礼（1772年-1787年）后继承熊本藩改名为齐兹

立之（1787年-1818年）

立政（1818年-1826年）后继承熊本藩改名为齐护

行芬（1826年-1851年）

立则（1851年-1862年）

行真（1862年-1870年）

肥后新田藩/高濑藩

1666年第三代藩主细川纲利的弟弟利重被封于熊本藩藏米3万5千石。1870年与熊本藩合并而被废藩。

细川家、外样3万5千石

利重（1666年-1687年）

利昌（1687年-1715年）

利恭（1715年-1742年）

利寛（1742年-1767年）

利致（1767年-1781年）

利庸（1781年-1805年）

利国（1805年-1810年）

利爱（1810年-1833年）

利用（1833年-1856年）

利永（1856年-1870年）