特有的类群有
蹄兔目、管齿目、金毛鼹科、
象鼩科、
土豚科、
河马科、
长颈鹿科、
珠鸡科、
鹭鹰科
鸵鸟科和
非洲肺鱼科等。其中
长颈鹿科并不起源于
非洲，原产
欧洲、
印度和
中国等地，今在其起源地已经灭绝，而保留在非洲并成为特有
动物。
马达加斯加岛动物区系具有显著的
独特性，几乎所有热带区
哺乳动物在这里都不存在，仅有
非洲河猪是晚近时期从非洲大陆迁来的。作为该岛的特有类群有狐猴科、
大狐猴科、
指猴科、
马岛猬科和拟
鹑科、
裸眉鸫科、
鹃鴗科等。