澳门特别行政区政府（英语：Macao Special Administrative Region Government；葡萄牙语：Governo da Região Administrativa Especial de Macau）（简称：澳门特区政府）是
中华人民共和国澳门特别行政区的行政机关。1999年12月20日，中华人民共和国澳门特别行政区政府正式成立，取代了
澳门政权移交前
葡萄牙殖民地时期的
澳葡政府。中华人民共和国澳门特别行政区行政长官，对中华人民共和国
澳门特别行政区立法会负责。首任行政长官是
何厚铧。
中华人民共和国澳门特别行政区政府总部澳门特别行政区政府的成立基础是于1987年4月13日签订的《中葡联合声明》，由中国国务院总理
赵紫阳与
葡萄牙总理阿尼巴尔·卡瓦科·席尔瓦在北京所签署。其后，中葡两国政府在
澳门政权移交期前的过渡期中，就澳门过渡期间之问题进行了磋商。
1988年4月13日，第七届全国人民代表大会第一次全体会议决定成立
澳门特别行政区基本法起草委员会。澳门特别行政区基本法起草委员会于同年10月25日开始在北京召开第一次的全体会议，当中通过起草工作的大体规划和步骤，并决定筹组澳门特别行政区基本法咨询委员会。终于在1993年3月31日，全国人民代表大会通过了
中华人民共和国澳门特别行政区基本法（简称《澳门特别行政区基本法》），自此为澳门特别行政区政府的成立及管治奠下了坚实基础。在筹组中华人民共和国澳门特别行政区第一届政府、
立法会和司法机关方面，一切按照《全国人民代表大会关于澳门特别行政区第一届政府、立法会和司法机关产生办法的决定》之规定产生。
1998年5月5日，全国人民代表大会澳门特别行政区筹备委员会在北京宣告成立，负责筹备成立澳门特别行政区的有关事宜由。其负责范围亦包括筹组由200位有代表性的澳门人士组成澳门特别行政区第一届政府推选委员，再利用协商与提名选举方式产生第一任
澳门特别行政区行政长官，提交
中央政府任命。在1999年5月15日举行的澳门特区首任行政长官竞选中，
何厚铧以近82%的支持率在两名候选人中胜出。
澳门立法会的组成，则按《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》的有关规定，由
澳葡政府最后一届立法会的成员，并符合由选举产生的议员如拥护《中华人民共和国澳门特别行政区基本法》、愿意效忠
中华人民共和国澳门特别行政区和符合澳门特别行政区基本法规定条件者，经澳门特别行政区筹备委员会确认，即可成为中华人民共和国澳门特别行政区第一届立法会议员。若有议员缺额，才由中华人民共和国澳门特别行政区筹备委员会决定补充。至于司法机关方面，中华人民共和国澳门特别行政区法院由澳门特别行政区筹备委员会依照《
中华人民共和国澳门特别行政区基本法》负责筹组。
澳门政权移交后的一刻澳门政权移交的交接仪式于1999年12月20日凌晨时分举行，以中华人民共和国澳门特别行政区成立仪式为结束。1999年12月19-20日，
澳门文化中心公园交接仪式场馆的2,500位中外来宾，共同见证着
葡萄牙国旗及
澳门市政厅旗（当时对外代表澳门的旗帜）于子夜前缓缓降下；
中华人民共和国国旗和澳门特别行政区区旗于零时零分零秒徐徐上升，政权移交顺利完成。午夜一时半在
澳门综艺馆，澳门特别行政区成立仪式在中华人民共和国国务院总理
朱镕基的监誓下进行，首任中华人民共和国澳门特别行政区行政长官
何厚铧与新政府成员一同宣誓效忠澳门特别行政区政府及
中华人民共和国中央人民政府。同日早上十时，澳门综艺馆举行了中华人民共和国澳门特别行政区成立庆典；下午四时则举行中华人民共和国澳门特别行政区成立酒会。中华人民共和国澳门特别行政区政府的正式成立，从此结束了
葡萄牙殖民地时期
澳葡政府的管治。
澳门回归祖国，神州大地欢腾，五洲四海瞩目。先辈们梦寐以求的夙愿，无数志士仁人奋斗追求的理想，中国人民的共同愿望，现在终于实现了。
马万祺满怀深情地说，此时此刻，我们更深地深体会到邓小平先生提出的“
一国两制”的高瞻远瞩和雄图伟略的正确。我们相信，有全国人民作坚强后盾，有行政长官
何厚铧领导的澳门特区政府的努力，有澳门同胞的勤劳和智慧，我们一定能够管理和建设好澳门。（全国政协副主席、澳门中华总商会会长马万祺评）
澳门回归祖国和澳门特区政府的成立，为澳门经济的振兴提供了机遇。澳门在“一国两制”下，作为自由港走向开放的世界，将为澳门打开新的发展前景。（澳门特别行政区行政长官何厚铧评）