康熙十四年(1675年),
王辅臣响应
吴三桂反清,潘育龙跟随副将偏图攻打三水、淳化。后跟随扬威将军
阿密达在泾州与王辅臣军队交战。当时宁夏道路阻塞,大将军
董额派潘育龙前往宁夏,与宁夏总兵
陈福的军队会合,途经红河川、白马城等要道,转战七昼夜,抵达宁夏,驻扎灵州,招抚失散兵众。潘育龙听从总督
哈占调遣增援山阳,在甘沟口击败叛军,因功升任
千总。
康熙二十九年(1690年),学士达湖等人出使
西藏,返回途中至
嘉峪关外,遭到西海阿奇罗卜藏所劫掠,甘肃提督
孙思克派潘育龙与游击韩成等人率军直捣其老巢,斩杀四百多人,阿奇罗卜藏逃跑,达湖等人获救。达湖等人返回京城后,将此事奏报朝廷,朝廷下诏嘉奖潘育龙等人。
康熙三十年(1691年),潘育龙前往宁夏防备并征剿叛乱的蒙古
准噶尔部首领
噶尔丹。同年,孙思克奏请朝廷在肃州设置总兵以守卫边疆,朝廷于是将
肃州改为军镇,任命潘育龙为肃州总兵。
康熙三十四年(1695年),噶尔丹所属的塔什兰和卓等五百多人进犯清朝,渡过
三岔河时,潘育龙率军进攻并擒获他们。
康熙三十五年(1696年),康熙帝亲率大军征讨噶尔丹,潘育龙亦跟随征讨。当时清军在
昭莫多(今蒙古国
乌兰巴托南宗英德)与噶尔丹军遭遇,飞弹射中潘育龙的右面颊,但潘育龙仍殊死战斗,最终败敌获胜。同年八月,清军回师后,潘育龙奉诏进京面圣,康熙帝亲自探视他的伤势,并命
御医给他诊治,赏赐给他锦衣一袭,调任天津镇总兵。后追叙他的功劳,授封世袭
拖沙喇哈番爵位。
康熙四十二年(1703年),康熙帝西巡,潘育龙在山西迎驾,康熙帝赏赐给他御书榜。当时康熙帝驻跸
渭南,检阅固原将士射术时,对潘育龙的射术大加称赞,并增加他的俸禄。不久,授任镇绥将军,仍然管理陕西提督事务。
康熙四十九年(1710年),康熙帝巡幸
五台山,潘育龙前往迎驾,康熙帝对他赏赐优厚,并亲自作诗一首褒奖潘育龙。当时有陈四等人带着妻子儿女在街上卖艺,擅长“走马上竿,鵕索算卦”,俗称卦子。他们人数发展壮大以后,便成为盗贼。潘育龙捕得五百九十多人。有关部门审讯他们,潘育龙因此上疏朝廷,请求下诏让各省总督、巡抚责令所属乡村、堡寨,遇令改业,编户为民,给予荒地开垦,马骡牲畜变为牛种,载入赋役全书。下部议行。
康熙五十八年(1719年),潘育龙因病请求辞职,康熙帝挽留他,下诏让他在任调理三个月。后再次上疏请求辞职,康熙帝仍挽留。同年七月,潘育龙病逝,朝廷追赠他为
太子少保,赐给随葬祭品,谥号襄勇。
潘育龙墓在今
靖远县城西五里许之河靖坪,墓地现存清代乾隆年间敕建石坊,为三楹斗脊式,坊柱内侧刻有楷书坊联:千里山川须在目,一军甘苦务同心。正梁及坊柱护座等处均雕刻精致图案,石坊气势雄伟,庄严肃穆。