漳江口红树林国家级自然保护区位于福建省漳州市云霄县漳江入海口，地理位置为东经117°24′07″～117°30′00″，北纬23°53′45″～23°56′00″，保护区总面积2360hm2，为福建省最重要的湿地生态系统类型的国家级自然保护区。区内丰富的浮游动植物为150多种鸟类、240多种水生动物和近400种水生物提供了栖息和觅食的理想场所。是以红树林湿地生态系统、濒危动植物物种和东南沿海优质、水产种质资源为主要保护对象的湿地生态系统类型保护区。

1992年元月漳江口红树林自然保护区成立。

1997年经福建省人民政府批复同意，成立省级自然保护区，面积1300公顷。

2003年6月经国务院国批准，晋升为国家级自然保护区，成为福建唯一的国家级湿地自然保护区。

2023年11月30日，国家林业和草原局公布《陆生野生动物重要栖息地名录（第一批）》，福建云霄漳江口湿地候鸟重要栖息地入选。

福建漳江口红树林国家级自然保护区位于福建省漳州市云霄县漳江入海口。最近城镇为云霄县城，位于湿地以西 10km，东北向距离厦门约 85km。地理坐标为东经117°24′07″～117°30′00″，北纬23°53′45″～23°56′00″，属湿地生态系统类型自然保护区。保护区总面积2 360hm2。

植被类型分为红树林、滨海盐沼、滨海沙生植被3 个植被型，有白骨壤林等 13 个群系，有秋茄—老鼠 等 22 个群丛。

漳江口保护区总体上由河口水域、 潮间带森林湿地（红树林沼泽） 、滩涂（潮间带泥滩）和盐沼组成，其中最主要的湿地类型为永久性的、以红树林植物秋茄、桐花、白骨壤等为建群种的红树林滩涂湿地，占湿地总面积的 55%。

漳江口保护区属于亚热带海洋性季风气候， 气候温暖湿润， 光、 热、水资源丰富。根据1960～1999年的气候资料统计，年均气温21.2℃，极端最高气温38.1℃，极端最低气温0.2℃。最热月份在7～9月。年平均降水量为1714.5mm，年最高降水量2493.2 mm，最低降水量1348.4mm，降水主要集中在 4 ～ 9 月。年蒸发量 1718.4mm，年均相对湿度79%。年均日照时数为 2125.1h。年平均雾日数 7.7 天。

土壤为滨海滩涂淤积和沙质淤积，厚达2m以上。土壤基质颗粒精细无结构，通常是半流体而不坚固，含高水分，缺乏氧气，土壤呈还原状态，具沼泽化特征 ；土壤含盐量高（一般在1%以上） ，具盐渍化特征；土壤 pH3.5 ～7.5，呈较强的酸性，土壤含有丰富的植物残体和有机质，有机质含量平均为 4.48%。土壤中也含有大量的钙质。

漳江口保护区内红树林湿地地势自西北向东南表现出明显的阶梯状降落，形成东、北、西三面高，中部及南部地势开阔平坦的地貌。漳江下游河口区地带母质为第四纪残积物质和沉积物质，由古老冲积物、近代河流冲积、海积和风积形成。

漳江为云霄县的主要河流，全长 58km，最终汇入东海东山湾。流域面积 855km2，由安厚溪（平和县） 、马铺溪、下河溪、和平溪、南溪、火田溪汇合组成。年平均径流量 6.35 亿 m3。漳江上游无大中型工业，海域溶解氧（DO）年平均含量为 7.3 mg/dm3，活性磷酸盐年平均值为0.38μmol/dm3，总氮含量全年平均为 7.25μmol/dm3，化学耗氧量含量变化范围为 0.58 ～ 2.31μmol /dm3，总悬浮物含量范围为 1.9 ～ 18.32mg/dm3，油类含量平均值为 23.3μg/dm3，常年水质为 II ～ III 类水质。海域的 pH 变化范围为 8.02 ～ 8.45，水温变化在 14.85 ～ 25.56℃。海域属不规则的半日潮形成，平均潮差2.32m，最高潮位 7.7 m，最低潮位 3.03m。

主要保护对象以红树林湿地生态系统、濒危野生动植物物种、东南沿海水产种质资源为主。主要湿地类型有红树林、滩涂、水域或组成的河口湿地等。符合《湿地公约》国际重要湿地指定标准的 1、2、3、8。

区内有维管束植物 224 种，有红树植物 5 科 6 属 6 种，盐沼植物 16 科27 属 29 种 1 变种，滨海植物 59 科 152 属 184 种。区内营养丰富，从而微生物资源丰富，有微生物 12 科 27 属 45 种，与陆地生境的微生物数量比较，红树林土壤细菌数量高于一般陆地生境，而土壤放线菌、真菌数量较少是漳江口红树林国家级自然保护区土壤微生物数量分布的主要特征。

野生脊椎动物共 359 种，其中哺乳动物 9科 14 种，鸟类 38科154种，爬行类 11 科 37 种，两栖类 5 科 13种，鱼类 141 种。列入国家一级重点保护的动物有中华白海豚和缅甸蟒蛇2种， 列入国家二级重点保护的动物有宽吻海豚、 黄嘴白鹭、 小杓鹬、小青脚鹬、绿海龟、棱皮龟、太平洋丽龟、虎纹蛙等 19 种。省级重点保护动物 24 种。保护区鸟类中具有众多的双边国际性协定保护的候鸟，其中中日候鸟保护协定保护的鸟类 77 种、中澳候鸟保护协定保护的鸟类 41 种。保护区红树林区潮间带底栖动物 28 种。潮下带底栖生物 181 种。海区浮游植物 201 种，其中硅藻 165 种。浮游动物 180 种，其中水母类 59 种，桡足类 71 种。

漳江口红树林国家级自然保护区是以红树林湿地生态系统、濒危动植物物种和东南沿海优质、水产种质资源为主要保护对象的湿地生态系统类型保护区。是中国北回归线北侧种类最多，生长最好的红树林天然群落。漳江口保护区内有红树林、芦苇、卡开芦沼泽、短叶茳芏盐沼、江河、滩涂、河滩、鱼塘、水田等多种天然及人工湿地、滩涂底质有泥滩、泥沙滩、沙滩等各种类型，河网密布，湿地环境多样。保护区内红树林植物主要分布有秋茄、木榄等红树科植物，还有紫金牛科的桐花树、马鞭科的白骨壤、大戟科的海漆、爵床科的老鼠簕以及伴生植物三叶鱼藤等，保存了福建省面积最大、中国天然分布最北大面积天然红树林，具有较高的自然属性和典型的红树林群落特征，具有保护研究价值，是湿地生物多样性的宝库之一。