海下湾是一个生态价值高的地区,有高度的生物多样性,这是因为海下湾有一个天然屏障,阻挡海水杂质的涌入,使海水较为洁净,从而提高一个良好的海洋环境,是很多海洋有机生物的居所。在海中,大部分的珊瑚品种可以确定,也是一个潜水热点。政府为了维持海下湾的生态系统,于1990年代中期被列为
香港海岸公园之一,并立例禁止任何影响生态系统的人为活动,例如钓鱼、捕鱼拖网、使用
硝化甘油炸药或
氰化物捕鱼、把海产或珊瑚携离等。
海下湾像
米埔一样,海湾内的
红树林地区达5.3平方公里,为成长中的鱼、生活于咸水带的无脊椎生物的栖息地。
海下湾海岸公园有很多珊瑚,大部分在香港发现的珊瑚都可以在这里找到,其中100多种原始品种也可以在这里找到。1989年5月1日成为
具特殊科学价值地点。