活菌计数法又称间接计数法。活菌计数法是在一定浓度的定量药物内加入定量的试验菌，经过一定时间培养后，取样进行活菌计数。活菌计数是将定量的药物与试验菌作用后的混合液稀释后加入琼脂培养基，制成平板，培养后数平板上形成的菌落数。直接计数法测定到的是死、活细胞总数，而间接计数法测得的仅是活菌总数。这类方法所得的数值往往比直接计数法测得的数值小。

活菌计数法又称间接计数法。直接计数法测定到的是死、活细胞总数，间接计数法测得的仅是活菌数。这类方法所得的数值往往比直接计数法测得的数值小。活菌计数法一般有平板菌落计数、液体稀释最大或然数法（ most probable number, MPN）测数、薄膜过滤计数法。

平板菌落计数

此法是基于每一个分散的活细胞在适宜的培养基中具有生辰繁殖并能形成一个菌落的能力。因此，菌藩数就是待测样品所含的活菌数。将单细胞微生物待测液经10 倍系列稀释后，将一定浓度的稀释液定量地接种到琼脂平板培养基上培养，长出的菌落数就是稀释液中含有的活细胞数，可以计算出供测样品中的活细胞数。但应注意，由于各种原因，平板上的单个菌落可能并不是由一个菌体细胞形成的，因此在表达单位样品含菌数时，可用单位样品中形成菌藩单位来表示，即CFU/ml 或CFU/g(CFU 即colony-forming unit ）。

液体稀释最大或然数法（ MPN）测数

取定量（ 1 ml）的单细胞微生物悬液，用培养液作定量10 倍系列稀释，重复3 ～5 次，将不同稀释度的系列稀释管置适宣温度下培养。在稀释度合适的前提下，在菌浓度相对较高的稀释管内均出现菌生长，而自某个稀释度较高的稀释管开始至稀释度更高的稀释管中均不出现菌生长，按稀释度自低到高的顺序，把最后3 个稀释度相对较高的、出现菌生长的稀释管之稀释度称为临界级数。由3 ～5 次重复的连续三级临界级数族得指数，查相应重复的最大或然数表求得最大可能数，再乘以出现生长的临界级数的最低稀释度，即可测得比较可靠的样品活菌浓度。

薄膜过滤计数法

测定水与空气中的活菌数量时，由于含菌浓度低，则可先将待测样品（一定体积的水或空气）通过微孔薄膜（如硝化纤维薄膜）过滤浓缩，然后把滤膜放在适当的固体培养基上培养，长出菌落后即可计数。

此法可因操作不熟练造成污染，或因培养基温度过高损伤细胞等原因造成结果不稳定。尽管如此，由于该方法能测出样品中微量的菌数，仍是教学、科研和生产上常用的一种测定细菌数的有效方法。土壤、水、牛奶、食品和其他材料中所含细菌、酵母、芽抱与抱子等的数量均可用此法测定。但不适于测定样品中丝状体微生物，例如放线菌或丝状真菌或丝状蓝细菌等的营养体等。

除上述两种常用的计数方法外，还有膜过滤法、比浊法。膜过滤法是当样品中菌数很低时，可以将一定体积的湖水、海水或饮用水等样品通过膜过滤器。然后将滤膜干燥、染色，并经处理使膜透明，再在显微镜下计算膜上 ( 或一定面积中 ) 的细菌数；比浊法原理是在一定范围内，菌的悬液中细胞浓度与混浊度成正比，即与光密度成正比，菌越多，光密度越大。因此可以借助于分光光度计，在一定波长下，测定菌悬液的光密度，以光密度 (O ． D ． ) 表示菌量。实验测量时一定要控制在菌浓度与光密度成正比的线性范围内，否则不准确。微生物计数法，发展迅速，现有多种多样的快速、简易、自动化的仪器和装置等方法。