第一个单细胞微生物出现在35亿年前。单细胞微生物在整个动物界中属最低等最原始的动物。包括所有古细菌和真细菌和很多原生生物。根据旧的分类法有很多动物，植物和真菌多是单细胞微生物。变形虫算作单细胞动物，它的一些种类却算作粘菌，带鞭毛的鞭毛虫如眼虫有时被归为
单细胞藻类或者是单细胞动物。新的分类法中，所有的真核单细胞微生物都算作原生生物。
有核的如草履虫就是典型的有核单细胞微生物。有核单细胞微生物主要由细胞核、细胞质、还有细胞器。它包括：线粒体、高尔基体、核糖体、细胞膜、这是动物型单细胞。如果是植物型单细胞比如红藻，就是细胞壁、细胞核、细胞质，它的细胞器就包括线粒体、高尔基体、核糖体、叶绿体、细胞膜。
无核的单细胞微生物，虽称无核细胞，但并不是把核除掉了的细胞，而是E.H.Haeckel（1866）假定的在进化道路发展过程中存在的一种无核细胞质团，称为无核原生质团（monera）。以后P.J.vanBeneden（1875）把极体出现前一如在胚胞消失的（卵母）细胞，以及L.Auerbach（1876）对一般细胞分裂对细胞核消失的细胞团，也都应用了这一名称。