南溪书院内的方塘，为朱熹幼年读书处。朱熹《观书有感》诗曰：“半亩方塘一鉴开，天光云影共徘徊；问渠那得清如许，为有源头活水来”。其中的“半亩方塘”即指此处。明弘治十一年(1498年)，知县方溥主持，把半亩方塘扩大浚深，并建亭于塘上，通以石桥，取名“活水亭”，今皆修复。
南溪书院原为郑义斋别墅,位于尤溪县城南公山之麓，毓秀峰下，原名溪南馆。该建筑始建于北宋中期，是我国南宋时期著名的理学家、教育家朱熹的诞生地。北宋宣和五年至七年（1123—1125），朱熹之父朱松任尤溪县尉，郑安道之子郑德与任尤溪县宰，与朱松成为莫逆之交。建炎三年十二月，朱松权职建州，时值方腊起义，朱松听说有“虏骑”自江西入邵武，便弃官携家上政和，寄居垄寺。五月初避叛兵南下尤溪，寄居郑安道南溪别墅。建炎四年（1130）农历九月十五日朱熹生于此。 南宋嘉熙元年（1237年），即朱熹去世37年后，当时尤溪县令李修捐金修葺，在朱熹诞生地创建朱子祠，地盘在原有的基础上略有扩展，新建房三楹，祀朱松、朱熹父子。南宋淳祐五年（1245）冬，上饶人施偾扩建讲堂于祠堂之右，名曰“会极堂”，作为书院的讲堂之所。南宋宝祐元年（1253）宋理宗御题“南溪书院”因而得名。德祐元年（1275），皇帝御书赐额“南溪书院”匾，悬挂于书院的大门上方。元至正元年（1341）分建两祠，即韦斋祠、文公祠，至此朱熹与其父分祀。中书省理问爱卨题颂“闽中尼山”匾额，悬挂于韦斋祠堂大门之上，又题褒“
海滨邹鲁”，把朱熹誉为福建尤溪的孔子。明正统十三年（1448），
邓茂七起义军攻破尤溪城邑，城南一带民居和南溪书院同时毁于战火。明景泰二年（1450），重修南溪书院，其规模又进一步扩展，景泰皇帝为朱熹钦颁像赞，赞曰“德盛仁熟，理明义精，布诸方策，启我后人”，对朱熹正心诚意的哲学思想推崇备至。明弘治十一年（1499）扩建正堂及左右舍五间。清康熙五十二年（1753）赐御书“文山毓哲”匾额 。在赐匾之前，曾督促地方府县先事修葺，作规模较大的翻新扩建，制定了学规章程。筹集学田，劝学助学，书院遂日臻完善。至民国十八、九年（1929—1930），据乡老传闻，邑人卢兴邦为纪念朱子诞辰800周年，先期重新整顿了院规学田，部署专人管理。之后又进行了规模较大的翻修，重塑了朱子金身坐像，南溪书院外貌有所改观。1957年，南溪书院被作为沙尤公路指挥部、林业化工厂使用，一场意外大火烧毁了文公祠、韦斋祠的主要部分。1972年，
批林批孔批朱熹运动，文公祠、韦斋祠华表又再遭劫难，后遗址被县二轻局作为塑料厂建设征用。
南溪书院建筑群坐南朝北，占地面积5500平方米，建筑面积1300平方米。建筑群包括文公祠、韦斋祠、半亩方塘、活水亭、溯源处、毓秀亭、镇山祠、瘗衣处等组成。现存半亩塘、观书第（1990年台胞捐资复建）、溯源处、活水亭（1985年复原）等。2001年起，尤溪县委、县政府作出全面复原朱熹诞生地遗址工程的决定，先后修建了半亩方塘、文公祠，新建了音乐旱喷泉（朱熹画卦洲）、儒学图腾柱、华表山门和朱熹生平浮雕组合，高等级改造沈樟别苑（内有朱熹手植樟）等。有清木刻本《南溪书院志》遗存于朱熹后裔。
“半亩方塘”位于文公祠前，是朱熹幼年读书、游戏之处，是朱熹著名诗作《观书有感》所描写之处。诗曰：“半亩方塘一鉴开，天光云影共徘徊，问渠那得清如许？为有源头活水来”。原半亩方塘“文革”中被填，只存其左半塘。2002年按原址重新复原浚深。
樟树在文公祠左侧，原有三株，高30多米，树干参天，浓荫覆盖，为朱熹幼年手植。因朱熹幼名沈郎（据束景南教授考证：朱熹幼名应为氵尤 郎，“沈”系“氵尤 ” 字之误）而得名。现存古樟二棵，占地2500平方米。1988年，县政府将此地扩建成公园，内矗立30余位现代书画艺术大师手迹的碑林。
明弘治十一年（1498）知县方溥倡建，扩浚方塘，占地面积20平方米，建亭于塘。亭面阔4米，进深4米，四角攒尖顶，名“活水亭”，通以石桥。石栏两边设花园。清乾隆十四年（1749）重建，1988年重修。“源头活水亭”有二：一在半亩方塘之上，一在公山之侧，此处乃朱熹生平见道之言得力之处。