根据党中央、国务院全面加强疾病预防控制体系建设的指导思想， 2003年11月28日，河南省机构编制委员会正式批准，在原河南省卫生防疫站和河南省结核病防治研究所的基础上组建河南省疾病预防控制中心，机构规格为副厅级，核定事业编制470人，经费实行全额预算管理，作为政府举办的实施疾病预防控制、公共卫生技术管理与服务的公益性事业单位。2004年6月11日，河南省疾病预防控制中心正式成立。

在河南省委、省政府的正确领导和关心支持下，河南省疾病预防控制中心于2006年2月整体搬迁至郑州市郑东新区农业东路，新址占地80亩，基建投资2.2亿元，建筑面积34000平方米。其中，实验室用房17340平方米，业务用房7820平方米，办公用房1020平方米，辅助用房7820平方米。

河南省疾病预防控制中心下设行政办公室、党委办公室、人事处、财务处、药械处等5个行管处室，公共卫生研究所、传染病预防控制所、寄生虫病预防控制所、免疫预防与规划所、卫生检测检验中心、性病艾滋病防治研究所、地方病预防控制所、结核病预防控制所、健康教育与慢性非传染性疾病防治研究所等9个业务机构，以及纪检监察室、质量管理室、预防医学门诊部、离退休职工管理科、预防医学会办公室等5个直属科室。截止2007年底，在职职工429人（卫生专业技术人员322人），主任医（技）师22人，副主任医（技）师84人，硕士53人，博士3人，省优秀专家2人，享受政府特殊津贴1人，卫生部专家咨询委员会委员20人。

河南省疾病预防控制中心主任：刁琳琪

河南省疾病预防控制中心副主任：韩志伟

河南省疾病预防控制中心副主任：赵东阳(试用期一年)

河南省疾病预防控制中心副主任：韩志伟

河南省疾病预防控制中心副主任：朱登军

河南省疾病预防控制中心是我省疾病预防控制技术指导中心，在省卫生厅的领导下，承担疾病预防控制和卫生监督执法的技术支撑工作，包括拟定传染病、寄生虫病、地方病、慢性非传染性疾病等预防控制规划、计划、技术规范和方案，指导基层疾病预防控制机构落实防治措施，开展业务技术培训，评价预防控制效果；开展全省突发公共卫生事件的监测预警，培训应急队伍，参与和指导应急处置，评估处置效果；开展健康危害因素监测与干预、卫生学检测与评价、公共卫生技术服务；开展健康教育和健康促进，普及卫生防病知识等。

现有传染病和流行病两个省医学重点学科，承担一批重大科技攻关项目和自然科学基金项目，先后获得国家级科技进步奖3项，省部级科技进步奖70余项。同时，与WHO、联合国儿童基金会、美国CDC、日本JICA等20多个国际组织、国外机构和学术团体建立了合作关系。编辑出版的《河南预防医学杂志》发行全国。

拥有高效液相色谱仪、液相色谱质谱联用仪等大批国际领先的卫生检验检测仪器设备，其中万元以上设备870台件，总价值约1.1亿元。实验室建设和管理规范，拥有26个BSL－2实验室、2个全省独有的BSL－3实验室、省A级SPF实验动物室和生物资源库。2004年，卫生检测检验中心获得国家实验室认可证书和计量认证合格证书，认可项目达到636项，并被商务部第一批授予“全国食品安全检测机构”称号。艾滋病确认、脊灰监测、麻疹监测等实验室均通过WHO或卫生部认证。

河南省疾病预防控制中心经历了抗击非典和预防控制艾滋病、人感染高致病性禽流感等重大传染病，以及救灾防病和抗震救灾的洗礼，经受了严峻的考验，先后被卫生部和人事部授予“全国卫生系统先进集体”，被河南省委、省政府授予“文明单位”和“抗击非典先进集体”，被河南省总工会授予“‘五一’劳动奖状”。2011年，中心被国家文明委授予“全国文明单位”荣誉称号。

2011年12月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第三批全国文明单位”荣誉称号。

2020年4月，入选河南省新冠肺炎疫情防控应急科普工作先进集体名单。

2022年4月28日，荣获2022年全国五一劳动奖状。

在河南省委、省政府的正确领导和社会各界的关心支持下，河南省疾病预防控制中心将高举邓小平理论和“三个代表”重要思想伟大旗帜，深入贯彻落实科学发展观，坚持“预防为主”的卫生工作方针，以创建“国内一流省级疾病预防控制中心”为目标，全面加强科学管理和能力建设，全面加强疾病预防控制工作，为保障河南人民健康、构建和谐社会和实现中原崛起做出新的贡献。

2024年8月19日，河南省医防融合（疾控监督员管理）办公室在河南省疾控中心挂牌。