沈阳市疾病预防控制中心是在原沈阳市
卫生防疫站基础上组建的。沈阳市卫生防疫站成立于1952年，是全国最早建立的市级卫生防疫站机构之一，1998年成为全国省会市级一等站。2002年1月经机构重组，沈阳市疾病预防控制中心成立。
中心有业务用房11000㎡，其中实验室用房3100㎡，万元以上设备,如
氨基酸分析仪、
气相色谱仪、全自动微生物分析仪、荧光定量PCR仪、液相色谱、离子检测仪等共计85台，总值740余万元。
沈阳市疾病预防控制中心是由政府组建的实施疾病预防控制、公共卫生技术管理与服务的公益性事业单位，是全市疾病预防与控制工作的业务技术指导与培训中心，其宗旨是通过先进完善的业务技术手段，最大限度地保护广大人民群众的身心健康。沈阳市疾病预防控制中心承担着重大传染病疫情、不明原因的群体性疾病、重大的食物中毒和职业中毒以及其它严重影响公众健康突发公共卫生事件的预警、监测和应急处理工作，同时承担传染病、慢性病、地方病和寄生虫病日常防治等项工作。
沈阳市疾病预防控制中心致力于建立健全疾病预警体系、疾病应急体系、免疫预防体系、慢性非传染性疾病控制体系、医院感染控制体系、实验室监测检验体系和健康教育体系，根据疾病流行的季节性和规律对传染病、职业中毒、放射污染、
食物中毒、水污染等重点公共卫生事件进行预警预报，为政府提供控制措施与建议。沈阳市传染病总发病率由1964年的4565.37/10万降至2002年的216.08/10万，
人均期望寿命由建国初期的35岁提高到73.56岁。沈阳市将
乙型肝炎疫苗纳入计划免疫，计划免疫全程接种率达95%以上。沈阳市疾病预防控制中心建立了一支技术过硬的突发事件应急反应机动队，成功地处理了沈阳地区严重危害广大市民健康的鼠疫、霍乱、炭疽、病毒性肝炎和可能发生的SARS等
公共卫生突发事件。2003年春，面对SARS的突袭，沈阳市疾病预防中心战士勇敢地冲向第一线，中心荣获辽宁省“五一”劳动奖状。