沈光祚出身山西平阳府
襄陵县军籍。其父沈士宁在浙江从事盐务，认为杭州风景秀丽，遂定居于此，其家富甲杭州。沈光祚改走科举之路，沈士宁迷信风水，有人说沈光祚留在浙江不利于应举，只有回山西才能光耀门楣，沈士宁便要求沈光祚去山西应试，结果落榜。其后沈光祚在浙江应试中举，万历二十三年（1595年）以三甲十九名获赐
同进士出身。起家河南开封府
推官，后
行取为兵部职方司主事。又升兵部武选司员外郎，万历三十八年（1610年）外放山西右参政。任上兼
井陉兵备道，剿灭了大盗刘应第。万历四十年（1612年）调任山东按察使，三年后升任山东右布政使。后
丁忧，于万历四十六年（1618年）起复广东右布政使。翌年升任山东左布政使。天启元年（1621年）九月升
顺天府尹。他在会议讨论
红丸案时公然指责内阁首辅
方从哲包庇进红丸的
李可灼，获得舆论赞赏。约于天启三年（1624年）正月下旬去世，享年六十一岁，获赠工部右侍郎。