水木社区是由
水木清华BBS站原站务组创办的BBS，它保留了水木清华BBS站截至2005年3月16日的所有版。
2005年3月16日
水木清华BBS封禁校外
IP后不久，原站务委员会即开始筹备新站，同时通报学校，说明在局面不可扭转的情况下将部分版面转移到公网发展，但只限于在“
校内交流平台”下生存、发展存在困难的，新站将不保留系版、协会版等校内交流版面。
4月9日水木社区开始
内部测试，只允许BBS水木清华站现任版主和前任版主参与，同日《水木社区管理规则》颁布，水木委员会、水木社区站务委员会成立。4月21日开始，允许每个版面推举十名
核心用户参与测试。此时，水木社区最高上线人数超过3000人，与水木清华BBS持平。5月12日，水木社区开始公开测试，开放了在
23端口的telnet服务，同时开放了telnet和web方式下的guest
访问权限。截至下午4时许，
最高同时在线人数超过5600人。5月25日，社区最高同时在线人数超过10000人。
2005年6月29日晚8点，水木社区结束公测，宣布正式开站，同时大幅度调整
组织管理架构。并明确水木委员会、水木管理委员会、站务委员会、站务委员会常务委员会等部门概念及其权责。
2006年6月27日，社区实施正版主管理制，最初只涉及水木特快（New Express）、笑话连篇（Joke）、谈情说爱（Love）等人气较旺的版面。这 代表着个别版面（系列版面）的管理权在形式上下放到了版务组手中。2006年10月10日发布了修订版的版主
管理办法. 其中对临时版主的任期和转正事宜进行了调整。
一、水木社区站内事务的最高
决策机构是水木委员会，负责决定水木社区的重大决策，下设常务机构水木管理委员会，负责监督本社区的日常事务。
二、站内日常事务由站务委员会负责处理，站务委员会中由1名总负责和2名负责人组成
常务委员会，负责站务委员会的
日常运作。