水利部小浪底水利枢纽管理中心的前身为成立于1991年9月的水利部小浪底水利枢纽建设管理局。为深化水利工程管理体制改革，2011年9月，经中央机构编制委员会办公室同意，水利部批准成立了水利部小浪底水利枢纽管理中心，为水利部直属正局级事业单位。

水利部小浪底水利枢纽管理中心的前身为成立于1991年9月的水利部小浪底水利枢纽建设管理局。为深化水利工程管理体制改革。

2011年9月，经中央机构编制委员会办公室同意，水利部批准成立了水利部小浪底水利枢纽管理中心，为水利部直属正局级事业单位。

（一）负责小浪底水利枢纽和西霞院水利枢纽的运行管理、维修养护和安全保卫工作；

（二）负责执行黄河防汛抗旱总指挥部和黄河水利委员会对小浪底水利枢纽和西霞院水利枢纽下达的防洪（凌）、调水调沙、供水、灌溉、应急调度等指令，并接受其对调度指令执行情况的监督；

（三）负责小浪底水利枢纽管理区和西霞院水利枢纽管理区及其库区管理，按规定开展水政监察工作；

（四）负责小浪底水利枢纽和西霞院水利枢纽的资产管理；

（五）承办水利部交办的其他事项。

根据上述职责，水利部小浪底水利枢纽管理中心内设8个处室和1个直属事业单位。并对所属黄河水利水电开发总公司和黄河小浪底水资源投资有限公司依法履行出资人职责。

（一）内设处室

办公室、党群工作处、规划计划处、资产财务处、人事处、水量调度处（防汛办）、安全监督处、建设与管理处。

（二）直属单位

库区管理中心（水政监察支队）为副局级单位，主要负责小浪底水库和西霞院水库库区管理以及地震台网运行管理、塌岸滑坡体监测等工作，并开展水政监察有关工作，在业务上接受黄河水利委员会水政监察总队的指导和监督。

党委委员、主任：孙长安

党委书记：孙长安

党委委员、副主任：李松慈、李鸿君、尤相增

党委委员、纪委书记：房蒙

小浪底水利枢纽是黄河干流三门峡以下唯一能够取得较大库容的控制性工程，既可较好地控制黄河洪水，又可利用其淤沙库容拦截泥沙，进行调水调沙运用，减缓下游河床的淤积抬高。1991年4月，七届全国人大四次会议批准小浪底工程在“八五”期间动工兴建。 小浪底工程1991年9月开始前期工程建设，1994年9月主体工程开工，1997年10月截流，2000年元月首台机组并网发电，2001年底主体工程全面完工，历时11年，共完成土石方挖填9478万立方米，混凝土348万立方米，钢结构3万吨，安置移民20万人，取得了工期提前，投资节约，质量优良的好成绩，被世界银行誉为该行与发展中国家合作项目的典范，在国际国内赢得了广泛赞誉。2002年至2008年，小浪底工程先后通过了安全技术鉴定、工程及移民部分竣工初步验收和水土保持、工程档案、消防设施、环境保护、劳动安全卫生等专项验收。2008年12月，小浪底工程通过竣工技术预验收。2009年 4月7日，小浪底工程顺利通过竣工验收。小浪底工程投运以来，发挥了巨大的社会效益、经济效益和生态效益，为保障黄河中下游人民生命财产安全、促进经济社会发展、保护生态与环境做出了重大贡献。

西霞院工程是小浪底工程配套工程，开发任务是以反调节为主，结合发电，兼顾供水、灌溉等综合利用。2003年1月前期工程开工，2004年1月主体工程开工，2006年11月实现截流，2007年5月下闸蓄水，2008年1月主体工程全部完工，2011年3月，通过水利部组织的竣工验收。

2020年1月7日，获得2019年水利行业节水机关。

2021年5月25日，水利部小浪底水利枢纽管理中心办公室被中共河南省委、河南省人民政府表彰为“河南省脱贫攻坚先进集体”。