棉子油喂饲小鸡，增加血脂质水平之程度较其他植物油(如
玉米油、
葵花油等)为高；可能系其中含环丙烯型
脂肪酸，此种脂肪酸能增加小鸡的血清胆甾醇水平、主动脉的粥样硬化，并促进胆汁的排出，而肝中胆甾醇含量反较低，故可能是促进胆甾醇自肝中移至血液及胆汁中。 棉子油对小鼠引起
心血管疾病的作用也高于玉米油。棉子油给大鼠灌胃(等量分4天连服)半数致死量为255±22毫升/公斤，最大耐受量为203毫升/公斤。死后解剖有全身性的毛细血管静脉郁血、红细胞崩解、毛细血管出血、失水、内脏失重、胃部的大细胞浸润性溃疡、肾小管及骨胳肌的变性。在慢性毒性试验中，给犬静脉注射棉子油的混悬剂6或9克/公斤，可使其分别死于第15及第5天，而同等剂量的
豆油则并无伤害。其毒性参见
棉花根条。
棉子中含有蛋白质、脂肪、
碳水化合物、粗纤维、棉酚类色素及水分。经过充分蒸炒后再加碱精炼，使油中的游离棉酚下降至0.02%以下可以食用，粗制的棉子油含棉酚较高，大量长期食用造成中枢神经、肝、肾、心等脏器损伤。
轻度：食用
粗制棉子油中毒多在2～7天后发病，头晕、头痛、无力、腰背酸痛、恶心、呕吐、腹胀痛、腹泻或便秘 嗜睡、不安、昏迷、抽搐、腹痛、便血、血压下降、心跳缓慢、
心力衰竭，肺水肿，肝区痛、无尿等
重度 ：主症 夏季中毒易引起“烧热病”，在阳光下，病者的皮肤难忍的烧灼感，皮红、无汗口唇及肢体麻木，心悸、气短、体温升高，胸闷，视物不清。不见太阳或用冷水洗澡后，症状消失 少数病人出现低血钾症，对称性四肢无力，麻木或瘫痪。这种瘫痪常近端重于远端，下肢重上肢。如抢救不及时可危及生命
2. 烧热病者，应避免晒太阳，并用温水或酒精擦澡或冷敷。