林肇元（1828-1886），字贞伯，优廪生，广西贺州贺街镇寿峰西塘人街（今属八步区莲塘镇永庆村管辖）人，清代政治人物，官至二品贵州巡抚。光绪十年（1884），坐事革职。病卒后，开复革职处分，恢复原官。次子为林世焘。

林肇元，生于道光八年（1828）十月初六，清代广西贺州贺街镇寿峰西塘人。

林肇元少小习武从文，博览群书，年轻时到桂林秀峰书院读书。咸丰二年（1852）壬子科乡试考中副榜。咸丰七年，他随林家避兵乱入富川和湖南江华，咸丰九年林家到长沙，咸丰十年，父亲林峻高卒于长沙。为生活所迫，林肇元与胞弟林载亨、堂弟林武利三人在长沙加入湘军刘岳昭（云南布政使）部。

从军后，因中过副榜得以佐军务，很快成为刘岳昭的得力幕僚和参谋，以州判选用随军。后因军功一路升迁，以军功授贵州粮储兵备道。同治九年（1870）迁贵州按察使，同治十年因剿匪筹饷有功，朝廷赏林肇元花翎头品顶戴。光绪元年（1875年）九月十四日，林肇元由按察使升贵州布政使。光绪七年十月一日由布政使升为贵州巡抚，兼署贵州提督学政。后因妻子儿女陆续去世病倒，疏于政务，导致贵州府库空虚，光绪九年十一月，因御史弹劾，朝廷对林肇元给予革职处理。

光绪十二年（1886）正月初九，因病卒于长沙，李鸿章为其撰写墓志铭，同年冬，朝廷开复他的革职处分，恢复原官，并念他平定贵州叛乱有功，赠从一品官职。

林肇元入军营后，参与援蜀援陕战事，尤以平黔立下大功。居黔20余年，整饬吏治，教民养桑蚕，兴修水利，储义仓以备荒，购书籍训士，并在苗瑶少数民族居住地区兴办义学，政绩昭著。民众自发集资欲为其建生祠，肇元毅然劝阻，并将所集之资修桐梓山路200余里，建石桥4座。

林肇元配偶为周氏，次子为林世焘，光绪三十年进士，民国时曾任临时参议会议员、行政院顾问等职。