在广东人民反抗英国侵略者的斗争中，一些当地的爱国士绅，当英军入侵时，在保卫家乡和田庐的热情的推动下，招募义勇，组织反侵略武装，并直接参加抗英斗争。其中，林福祥曾带领义勇参加三元里人民抗英斗争，并向统治者提出许多反抗侵略的建议。
他生长于
澳门，对西方资本主义和殖民主义的情况有较多的了解。鸦片战争爆发时，他还是一名没有功名的生员，当英国侵略者向中国一再挑衅时，他坚决主张抵抗。认为“唯今之计，则必能战而后能守”，提出与敌人屈辱议和是没有出路和“不能长恃也”。
林福祥特地到广州求见知府
余保纯，提出战守方略的建议，没有被采纳。当时，
琦善接替
林则徐任钦差大臣署两广总督，向侵略者讨好，尽撤广州沿海防务，致使虎门外围的大角、沙角等炮台为长驱直入的英舰攻陷，守将陈连升父子等英勇战死，虎门也无法守住，水师提督
关天培等壮烈牺牲。三月，
祁贡抵粤接替琦善为两广总督，在林福祥的一再要求下，通过他在祁贡那里当幕僚的老师
黄培芳的推荐，祁贡委派他招募水勇，从香山、顺德等地招募来五百七十二人，组成“平海营”，分配战船十六艘，驻守广州城西离明观海口，先后在白鹅潭、泥城等地与英军作战。
三元里人民抗英斗争发生前几天，英军在泥城缯步登陆，攻陷城北四方炮台，林福祥率所部水勇移驻石井并与之接仗。他亲自了解到侵略军在三元里一带“恣其淫掠，人人为之发指”的野蛮罪行，深表愤慨，因而一面到各乡动员乡民群众起来反抗，一面于四月初九日（5月29日）上书祁贡请战，要求“督带义勇乡民，出其不意”袭击英军。四月初十日(5月30日)，三元里人民举起抗英斗争的大旗，一百零三乡的乡民群众联合起来，诱歼英军于牛栏冈，林福祥“闻锣声不绝，即带水勇应之”。据他所写的《三元里打仗日记》中说，这一场战斗，“来会者众数万，刀斧犁锄，在手即成军器，儿童妇女，喊声亦助兵威，斯时也，重重叠叠，遍野漫山，已将夷兵围在核心矣。”可见当时四乡农民及其他劳动群众参加战斗的浩大声势。这次斗争，由于
奕山和祁贡派广州知府余保纯出面为侵略者解围，以致中途散去。林福祥对此深表不满，他在《日记》中写道：“不意十一朝（5月31日），有当事开城弹压者，且斥予等多事也，而人心解体矣，散矣，……（侵略者）既得粤东之六百万（银元），又往寇闽、浙、江苏矣，而后患遂无穷矣。……一日纵敌，数世之患。天乎！人乎！”鲜明地表达了他主张尽歼来敌，反对妥协以维护民族利益的观点。
香港于道光二十一年正月初四日（1841年1月26日）即为英国所强占。三元里战后，林福祥上书祁贡，要求乘机即日出兵收复香港，他在信中列举出兵的有利条件，指出当时存在的天时、地利、人和各方面的可胜因素，特别强调说：“比者官兵同心，绅勇欲战，且自有三元里之捷，更觉勇气百倍”，认为应“乘此可胜之时”，建立“不世之功”。他建议“由香港后路，潜师袭取，出其不意，攻其无备”，重申“和不足恃”的主张，认为“香港不可不复”，倘若“今日尚持首鼠之端，他日必贻反之噬悔”。但祁贡和奕山并没有理睬他的这个建议。以后他又积极捐资购置炮械火药，以抵制外来侵略者，而为奕山所保奏，“遂登
仕版”。
林福祥以后历任江西赣州定南厅同知，南昌、抚州、饶州知府，吉安赣宁兵备道，浙江布政使，直接参与镇压农民起义，进行对太平军的战争。咸丰十二年（1861年），太平军攻克
杭州，林福祥被俘，与其他官员同受
李秀成的优待，被馈赠一百两银子，予以释放。由于这个原因，同治三年（1864年），他在浙江衢州被当时任闽浙总督的
左宗棠所捕杀。
林福祥著有《
平海心筹》二卷，道光二十三年刊行。在这书中，他详尽阐述了他坚决抵抗外来侵略的主张，严正地驳斥了对外屈辱投降政策的谬误，他的不少意见在今天看来也还是有可取之处的。