从吕本中学，本中非常看重他。绍兴二十一年（公元一一五一年）及进士第。改
长汀尉，召为
秘书省校书郎。朝廷欲令学者参用
王安石三经义说，之奇以为邪说异端，不可训。因患痹疾，乞祠家居。
吕祖谦曾
受学于他，卒，谥文昭。之奇着有《
拙斋文集》二十卷，《四库总目》又有尚书全解、
春秋周礼讲义、论语注、孟子讲义、扬子讲义道山纪闻等，并行于世。
绍兴二十一年(1151年)，年已四十的之奇始登
进士第，授莆田
主簿，后改任
长汀县尉。绍兴二十六年
召试馆职，任
秘书省正字，又转为
校书郎，次年，兼任国史
日历所检讨官。这时，朝廷欲令学者参用王安石的《三经义》(指王所撰的《毛诗义》、《尚书义》、《周官新义》)，他竭力反对，认为王安石的《三经义》有如魏晋时期的清谈家
何晏、
王衍之流不务实际，空谈玄理之学，危害之大，胜于
桀纣。还认为，靖康之乱，其根源就在王安石《三经义》的空洞学风所造成的。朝廷采纳他的意见，停止推行王安石的《三经义》。
林之奇生当宋王朝失去半壁江山、在江南建立苟且偷安的南宋政权的历史时期，朝廷大臣多主张屈辱求和。林之奇却上书当局，认为“久和厌战，人之常情。金人知吾重于和，故常以虚声喝我，而示我以欲战之意，非果欲战，所以坚吾和也。欲与之和，宜无惮于战，则其权在我。”所以他主张加强战备，只有能战，才能求和。在南宋政权中，他是一位积极的主战派。他还认为“战之所需不一，而以人才为先。”竭力主张搜罗人才，充实国力。
绍兴二十九年(1159年)，林之奇以痹疾请求外放，由宗正丞提举闽舶，参帅议。后又被落职返乡，以宗祠为家居，授徒著述，自号拙斋，人称拙斋先生。后来成为著名学者的浙江
吕祖谦慕其名，远道来闽从其学。淳熙三年(1176年)病卒。有《尚书全解》、《春秋、周礼论》、《孟子讲义》、《
论语注》、《扬子解义》、《道山纪闻》、《拙斋集》等书行于世。