青少年时代在南京女子中学读书，受“
一二·九”学生运动的影响，积极参加抵制日货等爱国宣传活动。
抗日战争开始时，她高中毕业，考入
中央大学地理系，在极为困难的条件下，只身赴重庆入学。她在求学期间，积极参加“中苏问题研究会”、“救亡工作团”、 “救亡歌咏队”、 “嘉陵合唱团”等学生团体，走上街头宣传抗日。民国30年(1941)大学毕业后，任新疆女子学院地理讲师。民国33年冬回到故乡，在当涂中学任教。民国36年应母校之聘，回到南京
中央大学工作。先后任中央大学地理系助教、讲师、副教授，兼自然地理教研室主任、
中国地理学会理事。
1951年和周立三、吴传钧、高泳源、施雅风、李旭旦、胡豁咸、杨纫章、王煦柽等创建
中国国家地理杂志前身
地理知识。
1956年，杨纫章参加了湘江流域调查，次年又参加浙江瓯江流域自然地理调查。1958年担任我国西南高山林区森林综合考察队自然地理组组长，赴马尔康及米亚罗林区进行科学考察。1959～1961年任青海柴达木盆地沙漠调查队队长，1964年任内蒙古草原调查队副队长，长期率队在沙漠和草原地区进行科学考察 。“
文化大革命”开始后遭受迫害，1971年1月5日含冤而死，终年52岁。1978年7月，
南京大学党委为其平反昭雪。
杨纫章主要著作有；创刊
地理知识杂志（今
中国国家地理），《
中国自然地理纲要》、《普通水文学》、《气象漫谈》、《长江》、《柴达木盆地》等论文、专著60余篇，100多万字。她还为人民教育出版社编写过小学地理教科书，参加过《辞海》编写工作，为《十万个为什么》丛书编写过条目。为《新华日报》、香港《大公报》撰写介绍祖国大好河山的科普文章，多次为
江苏人民广播电台撰写地理科学讲稿。曾被选为江苏省科学普及积极分子，出席1956年全国第一次科学普及积极分子代表大会，并在大会上发言，受到毛泽东主席的接见。中国科学院领导称赞她是“地理学界的穆桂英”，
南京大学授予她“
三八红旗手”光荣称号。