在《答黄道夫》、《答玉子合》、《答陆子美》、《答陆子静》、《答陈卫道》等书信中，朱子阐述了他的有理有气，以理为本，理在气先的
客观唯心主义体系，这一体系的表述，仍是借周敦颐“无极而太极”这一理论；他说：“太极篇首一句，最是长者所深排。然殊不知，不言无极，则太极同于一物，而不足为万化之根；不言太极，则无极沦为空寂，而不能为万化之根。只此一句，便见其下语精密微妙无穷”。认为太极也好，理也好，道也罢，实质是一个东西，所以他又说：“局子所以谓之无极，正以其无方所，无形状，以为在无物之前，而未尝不立于有物之后，以为在阴阳之外，而未尝不行乎阴阳之中，以为通贯全体，无乎不在，则又初无声臭影响之可言也！”朱子肯定了太极一理生化万物，确认了“理在气先”，所以在他的
宇宙观中，“理”无疑已变成了“神”。
在《答姜叔权》、《答钦夫仁说》、《答郑子上》、《答蔡季通》、《答陈器之》等书札中，朱子继续阐述了他的天命之性和气质之性的
唯心主义人性论和人心与道心、天理与人欲对立的封建伦理道德观念，进一步强调了去人欲，存天理的必要性，对由仁、义、礼、智所构成的“天理”，朱子又做了一番归纳，指出“故仁者，仁之本体；礼者，仁之节文；义者，仁之断制；
智者，仁之分别”。总而言之，“仁者，人也”，“仁”就是人性的“太极”，就是人性的全体。
在《读大纪》、《答张敬夫》、《送张仲隆序》、《甲寅行宫便殿奏札》等著作中，朱子论及了自己的政治理论和倒退的历史观，他认为“天理”总战不胜人欲，故世道越来越坏，两汉不如三代，唐不如汉，认为唐太宗“无一念之不出于人欲”，因此，人类的历史是退化的，“千五百年之间正坐如此，所以只是架漏牵补过了时日。其间虽或不无小康，而尧舜三王周公孔子所传之道，未尝一日得行于天地之间也！”虽然危机越来越重，但朱子认为“周孔”之道还是常存不废的，“若企道之常存，却又初非人所能预，只是此个自是直古至今常在不灭之物，虽千五百年被人作坏，终殄灭他不得耳；这就是朱子头脑中的“周孔”之道万古永存论。在知行关系上，朱子继续维护自己的“即物穷理”、“格物致知”的命题，指出“凡有一物，必有一理，穷而致之，所谓格物者也”，对陆九渊的“即心明理”说进行了辩驳。
在《答陈师德》、《答吕子约》及有关著作中，全面反映了朱子的理学教育思想，他提出了许多教学原则和教育方法，认为“为学之道，莫先于穷理；穷理之要，必在于读书；读书之法，莫贵于循序而致精；而致精之本，则又在于居敬而持志”，“读书之法，当循序而有常，致一而不懈；从容乎句读文义之间，而体验乎操存践履之实，然后心静理明，渐见意味。不然则虽广求博取，日诵五车，亦莫益于学哉？”屡次强调熟读精思，潜心玩味，指出“务广而不求精”为读书大病，贪多务得，不是读书之法，并譬喻说：“所读书太多，如人大病在床’，而众医杂进，百药交下，决无见效之理”，告诫人们正确的读书方法“只且立下一个简易可常的课程，日日依此积累工夫”则可。
文集传本较多，书名与卷数亦有差别，宋刻大字本题《晦庵文集》，为朱在原本，一百卷；清康熙二十七年（1688）蔡方炳刻闽小字本，题《晦庵集》，正集一百卷，《续集》五卷，《别集》七卷，《四库全书》据此本著录；光绪二年（1876）《西京清麓丛书》、光绪中《刘氏传经堂丛书》，两本并题《朱子大全文集》，并皆附贺端麟《文集正伪》、《记疑》、《正伪记疑补遗》各一卷；宋刻明修补本，题《朱文公集》，正集一百卷，《续集》十一卷，《别集》十卷；《四部丛刊》题《朱子大全集》；《四部备要》题《朱子大全》；清咸丰徐树铭刊本，题《朱子文集大全类编》。