本尼狄克九世（Pope Benedict IX，1032～1045年在位）本名狄奥菲拉托（？--1055/1056） 意大利豪门权贵图斯库拉尼家族的最后一代教皇。也是唯一一名非连续连任过三次的教皇。他是图斯库拉尼伯爵阿尔贝里克之子，教皇本尼狄克八世和约翰十九世的侄子。

9世纪以来，教皇总座是意大利贵族争权夺利的政治足球，常常有几个背景各异的人明争暗斗，有事甚至出现过二、三个人同时登上教皇宝座，又废又立，热闹非凡，狄奥菲拉托在位10余年，争夺教皇宗座斗争激烈。1032年狄奥菲拉托的叔父教皇约翰十九死了，此时狄奥菲拉托年仅12岁。由于他父亲出钱行贿，又得到托斯库拉尼家族的允许，顺利地被捧上教皇宝座。他生活在仕宦门第，从小娇生惯养，生性残暴。有了权势，更是荒淫无度，胡做非为。动辄以绝罚排斥异己，四面树敌，激起罗马人起义，他在1036年被迫短暂离开罗马，并寻求康拉德二世的协助使他回到罗马。1044年1月他又再度被赶出罗马，并在一段时间被认为是敌对教皇。1045年罗马人推选主教萨比纳的约翰（？-1046.3.3在世）为教皇，称西尔维斯特三世（1045年在位）。本尼狄克九世不服，纠集了一群流氓和亡命之徒在罗马四郊为非作歹，并进攻城里教会，弄得天怒人怨。西尔维斯特三世不胜其扰，无力应付，在位二十日就表示还位本尼狄克九世。本尼狄克九世深知在罗马十分不安全，将教皇之位以1500磅黄金的价格出售给他的叔父，教廷总司铎格拉齐亚诺。1045年格拉齐亚诺登位后称教皇格列高利六世。格列高利六世次年入主教廷，相对教廷工作进行一些改革。他邀请过去同他合作过的希尔布德兰协助，希尔布德兰担任了教皇秘书和教廷司铎。1046年本尼狄克九世和西尔维斯特三世都返回罗马，并都宣称自己是合法教皇，不承认格列高利六世。三个教皇同时出现在罗马，史称三教皇对立。他们要求皇帝亨利三世裁决。

1046年神圣罗马帝国皇帝亨利三世召集宗教会议，宣布西尔维斯特冒充教皇而予以监禁，废黜本尼狄克九世，认定格列高利犯有购买神职罪，也予以废黜。这次会议决定推选萨克森人主教班贝格的苏伊德吉继位为教皇，称克雷芒二世。

1047年克雷芒卒，本尼狄克又出现于罗马，重新登位。1048年托斯卡纳的卜尼法斯奉亨利三世之命，将本尼狄克逐出罗马，另立主教布里克森的波波为教皇，称达马苏斯二世。

本尼狄克九世在教皇宗座时上时下，至1048年最后被逐，期间教皇冠冕先后戴在西尔维斯特三世、格列高利六世、克雷芒二世和达马苏斯二世头上，这前后一个时期，教廷局势动荡，人事变动频繁，教皇们自顾不暇，少有作为。但教廷内部却掀起一股自强之风，许多地方教会开始整顿纪律，建立了许多隐修院。