宫崎大学设有教育文化学院、农学院、工学院和医学院，学院下分别开设了本科课程、硕士课程，农学院、工学院和医学院下还相应设有博士课程。宫崎大学拥有丰富的专业配置，学校教育、食品生产、生物环境、
应用生物科学、土木工程、材料物理、电子电器、医学、看护学等本科专业，以及为学生提供继续深造机会的各个研究生及博士生专业。作为宫崎大学的特色学院，农学院的应用生物科学和工学院土木环境工学等学科早已获得JABEE认定，医学院更是以其高标准严要求的作风闻名全国。宫崎大学以继承和发扬学术·文化·技术等人类知识遗产、深入探索知识理论为目标，以培养全方位适时型人才为使命，力求更多地造福于社会文化发展和人民福利。