明朝后期，内忧外患。朝野之上皇储之争，边陲东南有海盗横行，西北有瓦剌崛起。锦衣卫
周淮安（
马可饰）虽对政治斗争毫无兴趣，但对东厂也是深恶痛绝，在师傅的劝阻下，他并未与东厂正面对抗。为保忠臣老英王唯一的儿子英观镇（刘耀元饰），他站到了东厂的对立面；后来，又为给老英王正名，成为打击东厂黑暗势力的第一反抗者；在经历了诸岛历险后，周淮安不仅提升了武功，成为受列岛势力尊敬的三十六岛岛主，也开阔了眼界，变成为国为民的侠之大者。而一路施展毒辣手段最终登上皇位的敬王——敬皇，在大权在握后，终于明白为君之道，为老英王平反，平定叛乱，并大胆打开“海禁”，使东南沿海商贸有序，海上丝绸之路初具规模，又在西北边境开市，让古丝绸之路得到了恢复。而周淮安此时辞官归隐，与邱莫言（
沈梦辰饰）同行，前往西北去寻找在平乱之后重开龙门客栈的金镶玉（
戚薇饰）。
《 新龙门客栈》作为武侠经典作品，已经经历了多次翻拍，而此次剧版《新龙门客栈》可以说是影版《新龙门客栈》的前传，在一定程度上进行了改编，玄幻的元素加上与历史的结合。
《新龙门客栈》将故事主场景从荒漠搬到海岛，从寒冬到酷暑，历时五个月之久，辗转横店、福建平潭、中卫等多地完成《新龙门客栈》的拍摄，力求通过全新的故事架构和人物关系。
2017年1月，该剧开机拍摄，曝光了主演阵容和“海岛”概念海报；6月，该片杀青；9月20日，首曝“藏龙卧虎”版单人海报，主演集体亮相，海报色彩鲜明个性强烈；12月20日，发布了首支“龙门人物谱”片花。