新疆大学干旱生态环境研究所筹建于1993年，成立于1994年，现任所长为吕光辉教授，与新疆大学资源与环境科学学院共建有“绿洲生态教育部重点实验室”/“新疆绿洲生态实验室”。设有生态学一级学科博士点与生态学博士后科研流动站。拥有自治区生态学重点学科，建有教育部“新疆干旱区生态和水文系统对气候和环境变化的响应以及社会适应机制研究”创新团队、新疆“绿洲生态”创新群体。

新疆大学干旱生态环境研究所由任光耀、潘晓玲、刘志辉等任所长，几经更替。现设有生态学一级学科博士点与生态学博士后科研流动站。拥有自治区生态学重点学科，建有教育部“新疆干旱区生态和水文系统对气候和环境变化的响应以及社会适应机制研究”创新团队、新疆“绿洲生态”创新群体。2016年，吕光辉等申请的“水盐交互作用下干旱区荒漠群落多样性的维持机理”项目获得“自治区人民政府地方公派出国留学成组配套项目”资助，吕光辉教授等六名骨干教师将赴澳大利亚进行为期3至6个月的科研访问和研修工作。

新疆大学干旱生态环境研究所最早筹建于1990年，当年由原任校长依布拉音·哈力克引进了加拿大一所学校相关专业的教授来校协同发展。当时筹备组负责人为任光耀、黄永年和黄培佑。通过新疆大学党委的大力支持，自治区编制委员会于1993年4月正式批准成立“新疆大学干旱生态环境研究所”，校党委任命任光耀为研究所所长，黄永年和黄培佑分别任研究所副所长。该研究所获得16名研究人员的编制，研究所当时有4个研究方向：环境地理；任光耀领导的生态环境系统动力学演化与预测；黄永年领导的生态数学；黄培佑领导的生态学。

1995年后，学校党委任命当时资环学院党委书记的刘志辉教授为兼职副所长。不久学校党委任命潘晓玲教授为研究所的副所长，并免去已调离学校的黄永年副所长和已到年龄的黄培佑副所长。

1998年，干旱生态环境研究所获批自治区第一个环境科学硕士学位授予点。

1999年，学校党委任命潘晓玲同志为新疆大学干旱生态环境研究所所长，1999由新疆大学主持的国家973项目获批，潘晓玲被任命为该项目首席科学家。

2000年，由潘晓领教授牵头组织力量申请到生态学硕士学位授予点。由此，干旱生态环境研究所的研究生培养工作逐年扩大。

2000年，新疆大学和原新疆工学院合并，两校的资源与环境系与干旱生态环境研究所合并，成立新疆大学资源与环境科学学院，潘晓玲教授被任命为学院院长兼研究所所长。

2011年，干旱生态环境研究所分离出来，原资源环境科学学院院长刘志辉教授担任所长，原资源环境科学学院副院长师庆东担任副所长。

2015年，新疆大学党委任命原新疆大学资源与环境科学学院副院长、实验室与设备管理中心副主任吕光辉教授担任所长，副所长仍由师庆东教授担任。

现有固定研究人员11人，其中教授3人，教授级高工1人，副研究员1人，助理研究员6人。具有博士学位者10人；45岁以下教师人数7人，占63.6%，45岁以上教师人数4人，占36.4%。现有在校生38人，在读硕士研究生27人，博士研究生11人。预计2020年有在校生84人，其中硕士研究生69人，博士研究生15人。

研究所在研项目31项，研究经费1599万元，其中国家自然科学基金项目7项，国家科技支撑计划项目专题3项，973项目专题1项，水利部公益基金1项，国家科技合作子项目2项，教育部创新团队计划项目子课题2项，省级3项，厅局级2，横向课题10项。

2015年研究所制定了未来所的发展方案。未来研究所将向：（1）遥感定量反演与应用、（2）陆地水循环与地表系统、（3）陆地格局与生物多样性、（4）环境污染与环境修复四个方向进行发展。每个发展方向由一位学术带头人领衔，其对应的学术带头人分别为：刘志辉教授、吕光辉教授、师庆东教授。

研究所现有4个研究室，1个管理办公室。