绿洲生态教育部重点实验室是主要从事绿洲生态为主的应用基础研究的实验室，始建于1997年，1998 年成为新疆大学绿洲生态与荒漠重点实验室； 2002 年经新疆维吾尔自治区人民政府批准，成立新疆绿洲生态重点实验室，2003 年新疆绿洲生态重点实验室被教育部批准进行省部共建，成立绿洲生态教育部重点实验室。

实验室现有固定研究人员55人，其中教授15人，博士生导师8人，副教授、副研究员27人，讲师、工程师13人。聘请国内外知名专家、学者26人作为客座研究人员进行科学研究、人才培养工作。实验室现有仪器设备价值 2130.5 万元，拥有科研用房3100平方米。实验室建有教育部西部资源环境网上研究中心新疆分中心，建有中国西部干旱区本底资料数据库、研究成果库、文献资料库。

实验室与国外科学家合作，于 2002 年成立“干旱区半干旱区可持续发展国际研究中心 ”，2004 成立了中国科协第一家“海外智力为国服务工作基地”，联合国教科文组织已将其纳入到亚洲区域干旱区网络研究项目中。 新疆大学依托实验室建有生态学、矿产普查与勘探两个自治区重点学科，同时，生态学为新疆大学“ 211 工程”重点建设学科。目前建有环境科学、生态学、自然地理学、地图学与地理信息系统、人文地理学等 8 个硕士学位授予点；自然地理学、生态学、人口资源环境经济学三个博士点；设有生态学项目博士后流动站。