新疆出入境检验检疫局位于新疆乌鲁木齐南湖北路，是国家质量监督检验检疫总局下属机构，正厅级。主要负责新疆区域内的出入境检验检疫工作。该局现下设15个分支局、5个办事处、4个直属事业单位，拥有多个国家级重点实验室和区域性中心实验室。

新疆出入境检验检疫局是国家质量监督检验检疫总局设在新疆的正厅级直属机构，管辖新疆区域内的出入境检验检疫工作。现内设18个职能处室、4个直属事业单位，下设15个分支局和5个办事处。全系统现有干部职工700多名。拥有各类检验检疫实验室23个，其中3个国家级重点实验室、5个区域性中心实验室、9个综合性实验室，有6个保健中心实验室。有14个取得了国家认监委计量认证/认可实验室资格。形成了覆盖新疆陆路口岸、空运港口，布局合理、运转高效的检验检疫网络。全面承担着新疆29个口岸（一类口岸17个，二类口岸12个）的出入境卫生检疫、动植物检疫、商品检验、鉴定、认证和监督管理工作。 近年来，在自治区党委、政府和国家质检总局的正确领导下，新疆检验检疫局积极配合国家西部大开发和自治区“东联西出”、“西来东去”战略，紧紧围绕“服务经济、促进发展”这一中心任务，坚持“科技兴检” 和“以质取胜”战略，严格执法把关，完善内部管理，深化业务改革，创新工作机制，为维护新疆口岸安全和促进新疆外经贸发展做出了突出成绩。针对新疆周边国家的疫情特点，不断完善和细化口岸突发公共卫生事件和各类疫病疫情的预防与控制预案，强化对重大动植物疫病防控的组织和应急处置工作程序，有效地防止了境外传染病、重大动植物疫情疫病及各类有毒有害物质传入。积极探索和推行企业质量诚信度评价模式，落实中高风险重点进出口商品和涉及安全、卫生、环保项目的检验检疫管理措施，在有效监管和保证检验工作质量的前提下提高检验放行速度，为独山子千万吨炼油、百万吨乙烯、中哈管输原油等重大项目建设和重点商品进口发挥了重要作用。加强对外贸易政策的研究，加大对转基因、农残、重金属、放射性检测等方面的研发力度，积极研究快速、便捷、高效、准确的检测方法，积极应对日本食品中农业化学品残留“肯定列表制度”，努力打破国外技术性贸易壁垒。积极探索产品质量和食品安全监管长效机制，督促和指导出口企业建立食品卫生质量保证体系。严格出口食品卫生注册登记评审和监督管理。积极帮助企业对外注册，拓展国外市场。制定了出口食品全过程检验监管措施，加强出口食品原料基地登记备案和食品添加剂备案，积极探索出口食品分类管理模式和风险监控体系，推行了食品安全区域化管理。积极与周边国家相关部门开展沟通合作，有效地促进了新疆活畜及肉类、禽蛋对中亚出口。将出口注册果园按风险等级纳入分类管理，促进了库尔勒香梨出口美国、加拿大、澳大利亚等高端市场。严格执行出口蔬菜“从源头抓管理，产地检验检疫、口岸查验放行”的检验检疫制度，大力推行“公司+基地+标准化”管理和“区域化”管理模式，创造性地采取了出口蔬菜基地贸易企业登记、生产企业登记、蔬菜协会登记等“全登记”方式，促进了新疆出口蔬菜连创新高。

为适应国际国内形势变化对检验检疫工作提出的新要求，新疆检验检疫局坚持改革创新，积极探索和创新检验检疫工作机制，加快大通关建设步伐，推进新的检验检疫工作模式的应用。近年来，新疆检验检疫局信息化建设和应用工作水平有了根本性的提高，信息管理已延伸至检验检疫业务管理、财务管理、人事管理、实验室管理、电子审批、电子申报、电子报检、电子转单、图书资料和标准管理、科研管理、办公自动化、视频会议等诸多领域。2007年新开发使用了出境货物电子核放系统，2008年1月1日起全疆全面实行通关单联网核查，加强了与海关的业务协调工作，统一了关检申报模式，有效遏制了逃漏检，提高了货物的通关速度。截止2008年6月底，已为100多家企业安装了电子申报系统，完成了CIQ2000综合业务系统的全疆大集中模式，为全面实施电子监管奠定了基础。

为了进一步提高全疆检验检疫系统依法行政的能力和水平，新疆检验检疫局自2007年初开始在本系统全面推行以ISO9000质量体系为基础、以绩效考核为核心的综合行政管理体系。通过一年多来质量管理体系的建立和运行，全疆检验检疫系统的各级领导和全体职工按照“依法行政、严把国门、真诚服务、科学管理、作风严谨、廉洁高效”的质量方针和体系文件的要求，逐步形成了管理科学、有章可循的工作机制，检验检疫行政执法工作和各项相关活动不断规范和完善，对外服务质量和内部管理水平得到了明显提升。2008年8月，新疆检验检疫局ISO9000质量管理体系顺利通过了中国质量认证中心专家审核组的现场审核。

新疆检验检疫局高度重视党风廉政建设和精神文明建设。围绕检验检疫中心工作，坚持标本兼治、综合治理、惩防并举、注重预防的方针，着力抓好各级领导干部党风廉政建设教育、监督和廉洁自律工作，把加强行业作风建设和领导干部作风建设放在突出位置。加大对违法违纪案件的查处，把党风廉政建设和反腐败工作不断引向深入。精神文明建设以大力推进和谐机关建设为主题，以加强机关作风建设为重点，注重抓好经常性、群众性的精神文明创建活动，使创建内容不断丰富，形式更加多样，方法日臻完善，创建质量稳步提高。进一步深化了窗口单位的创建工作，推行了首问负责制、服务承诺制、行政执法公示制，窗口及业务部门的办事程序更加规范，办事效率不断提高。广泛开展了创建青年文明号、文明处室、文明窗口、文明家庭、文明庭院活动。至2003年10月，新疆检验检疫局及10个分支局全部成为自治区级文明单位。2003年11月，新疆检验检疫局被自治区文明委命名为“自治区级文明行业（系统）”，全疆检验检疫系统正式跨入了自治区级文明行业（系统）行列。自2005年以来，红其拉甫检验检疫办事处连续被国家质检总局和团中央认定为“全国青年文明号”。2007年，国家质检总局党组将红其拉甫办事处的事迹列为质检系统先进事迹报告会的内容；自治区党委宣传部已将红其拉甫办事处列为先进典型并将通过相关媒体和刊物进行广泛宣传。通过加强党风廉政和精神文明建设，为提高依法行政能力和水平提供了思想保证、纪律保证和组织保证。

多年来，新疆检验检疫系统干部职工克服口岸自然环境恶劣、生活条件艰苦等诸多困难，扎根基层，扎根口岸，坚守岗位，严把国门，形成了“特别能吃苦、特别能战斗、特别能忍耐、特别能奉献”的“四特精神”。2006年7月，国家质检总局李长江局长视察新疆检验检疫局时，称赞“新疆检验检疫局围绕维护新疆稳定和服务地方经济发展做了大量工作，取得了积极的成果。队伍建设工作很出色，“自治区级文明行业”称号连续13年红旗不倒，难能可贵。”

随着新疆外经贸的快速发展，检验检疫业务量逐年增加，2007年，全疆系统共完成出入境货物检验检疫12.99万批，货值84.94亿美元；检验检疫不合格货物1566批，货值4320万美元。与2000年相比，检验检疫批次增长了30%，货值增长了近4倍。在各项工作不断取得新的佳绩的同时，新疆检验检疫局无论是在科技进步、人才队伍建设方面，还是在基础设施、检测手段等方面，都取得了长足的发展，为“十一五”期间的高速发展奠定了基础。随着新疆外向型经济的快速发展，边境开放口岸进一步增多，出入境业务将不断增加，突破国外技术壁垒、扩大地产品出口的难度会越来越大，检验检疫任务也将更加繁重。新疆检验检疫局将按照“科技兴检、人才强检、从严治检”的思路和“政治坚强、业务过硬”的要求，切实加强干部队伍建设，努力建设一支政治坚定、作风优良、业务过硬，忠于党、忠于人民的高素质的检验检疫队伍，不断提高依法行政和服务经济的水平，提高落实科学发展观的能力。

在新的征程上，以奉献为荣，以促进新疆外经贸发展再上新台阶、谋求大发展为神圣使命的新疆检验检疫系统，将更加紧密地团结在党中央周围，高举邓小平理论伟大旗帜，以“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观统领检验检疫工作，以更加高昂的斗志，与时俱进的精神，无私奉献的品德，拼搏进取的决心，按照“忠于职守、勇于负责、严格把关、保国安民”的工作方针，为促进新疆经济社会又好又快发展做出新的更大的贡献。

（一）贯彻执行出入境卫生检疫、动植物检疫和进出口商品检验法律、法规和政策规定的实施细则、办法及工作规程，负责所辖区域的出入境检验检疫、鉴定、认证和监督管理等行政执法工作。

（二）负责实施出入境卫生检疫、传染病监测和卫生监督，负责口岸传染病的预防与控制工作，负责出入境人员的预防接种和传染病监测体检的管理工作。

（三）负责实施出入境动植物及其产品和其他检疫物的检验检疫与监督管理，负责动植物疫情监测、调查等工作，办理国家质量监督检验检疫总局授权的动植物检疫审批，实施动植物疫情的紧急预防措施。

（四）负责实施进出口商品（含食品）的法定检验和监督管理，负责实施一般包装和出口危险品货物包装检验，负责进出口商品鉴定管理工作，负责实施外商投资财产鉴定，办理进出口商品复验工作。

（五）负责实施对进出口食品、动植物及其产品等的生产（养殖、种植）、加工和存放等单位的卫生、检疫注册，负责实施进口安全质量许可和出口质量许可工作，负责实施进出口产品、体系认证和实验室认可、人员注册等工作，并监督管理。

（六）负责实施国家实行进口许可制度的民用商品的入境验证，负责出口、转口商品的有关出境验证。

（七）负责实施出入境交通运载工具和集装箱及容器的卫生监督、检疫监督和有关的适载检验、鉴定，负责出入境交通运载工具、集装箱、包装物及铺垫材料和货物的卫生除害处理的管理工作。

（八）负责执行国家、国务院有关部门和国家质量监督检验检疫总局签署的有关检疫、检验的国际协议、协定和议定书等，负责技术性贸易壁垒协定和检疫协议的实施工作。

（九）负责签发出入境检验检疫证单和标识、封识，并进行监督管理。负责出口商品普惠制原产地证和一般原产地证的签证工作。

（十）负责所辖区域内的出入境检验检疫业务统计，调查和收集国外传染病疫情、动植物疫情和国际贸易商品质量状况，提供有关信息。

（十一）负责对所辖区域内各类涉外检验检疫、鉴定和认证机构（包括中外合资、合作机构）以及卫生除害处理机构的监督管理。

（十二）负责出入境检验检疫科技、标准化和信息化工作，负责有关的国际合作与交流工作。

（十三）负责人事管理、教育培训、外事、财务、基建、物资管理、纪检监察、审计、精神文明建设和思想政治工作。

（十四）承办国家质量监督检验检疫总局交办的其他工作。

（1）办公室

负责协调机关日常工作和督查督办，组织重要会议，负责秘书、机要、保密、文印、档案、政务信息与宣传、外事等工作。

（2）人事处

负责办理本局和下属分支机构、事业单位的干部任免、调配、考核、公务员管理、职称评聘、机构编制、劳动工资、教育培训等工作。

（3）财务处

负责本局和下属单位的财务会计、基建计划、国有资产管理工作，负责对下属单位的财务监督检查。

（4）法制与综合业务处

负责有关检验检疫法制工作及执法督查、稽查工作，承办行政处罚、复议、诉讼和司法调查及法制宣传教 育，负责检验检疫业务综合和协调等工作。

（5）质量管理办公室

负责综合行政管理体系的推行和改进，对综合行政管理工作进行管理和监督，体系认证工作的督查、督办、组织内部审核和外部审核工作，负责全系统绩效考核工作的制定、修订、运行和组织协调等工作。

（6）科技处

负责检验检疫科技、标准化、技术引进与交流、情报资料、实验室、仪器和计算机信息系统的设备管理等工作。

（7）检务处

负责出入境检验检疫证书证单的签发工作，负责检验检疫报检、计收费、签证、放行及流程管理，负责普惠制原产地证和一般原产地证的签发与监督管理，负责业务统计分析。

（8）动物检验检疫处

负责出入境动物及其产品和其他应检物的检验检疫和监督管理，承办授权的进境动物检疫审批，收集动物疫情信息，承办出入境动物及其产品的卫生和检疫注册的考核与监督检查。

（9）植物检验检疫处

负责出入境植物及其产品和其他应检物的检验检疫和监督管理，承办授权的进境植物检疫审批，收集植物疫情信息，承办出入境植物及其产品的卫生和检疫注册的考核与监督检查。

（10）卫生检疫处

负责出入境卫生检疫、传染病监测和口岸卫生监督，收集国内外有关传染病疫情信息，负责传染病监测体检与预防接种的管理工作。

（11）食品检验监督处

负责进出口食品等商品的卫生、质量检验和监督管理，承办进出口食品卫生注册的考核和监督检查。

（12）机电金属化矿检验处

负责进出口机电仪、化矿产品、金属材料等商品的法定检验和监督管理，负责外商投资财产鉴定工作，承办分管商品的进出口安全质量许可的考核和监督检查。

（13）轻纺包装检验处

负责进出口轻工、纺织品等商品和包装的法定检验和监督管理，承办分管商品的进出口安全质量许可、包装许可的考核和监督检查。

（14）认证监管处

负责管理和组织实施进出口卫生、检疫注册和进口安全质量许可、出口质量许可、质量认证认可工作。

（15）检验监管处

负责乌鲁木齐地区二类口岸、铁路地区、经济技术开发区出入境货物的检验检疫、查验、出证及监督管理，监督、检查和指导全疆旅游购物、边民互市的检验检疫工作。

（16）机关党委办公室（政工处）

负责对全系统思想政治工作、精神文明建设活动的指导和协调，同时负责局机关党委和局机关工会的日常工作。

（17）监察审计室维护政纪和财经法规的职能部门，主要负责监督检查和保证国家法规、方针、政策、制度、决定的贯彻执行，以及本局各项制度、决定的贯彻执行。受理举报、查处违纪行为和案件。对所属单位实施财务收支、经济效益、领导干部经济责任的内部审计。

（18）离退休干部处

负责离退休人员的管理与服务工作，同时负责安全保卫、消防安全等工作。

2017年11月，获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。