新型疫苗是采用生物化学合成技术、人工变异技术、分子微生物学技术、
基因工程技术等
现代生物技术制造出的疫苗，是近年来新发展的疫苗。
亚单位疫苗（subunit vaccine）是去除病原体中与激发保护性免疫无关的甚至有害的成分，保留有效免疫原成分制成的疫苗。例如
无细胞百日咳疫苗则提取
百日咳杆菌的丝状血凝素（FHA）等
保护性抗原成分制成，其内毒素含量仅为全菌体疫苗的1/2000，副作用明显减少而保护作用相同。又如提取细菌多糖成分制成的
脑膜炎球菌、
肺炎球菌多糖疫苗，以及流感病毒
血凝素/
神经氨酸酶亚单位疫苗。
结合疫苗（conjugate vaccine）是将细菌荚膜多糖成分化学连接于
白喉类毒素，为细菌荚膜多糖提供了蛋白质载体，使其成为
T细胞依赖性抗原。结合疫苗能引起T、B细胞的联合识别，
B细胞可产生
IgG抗体，明显提高免疫效果。目前已获准使用的结合疫苗有b型
流感杆菌疫苗、脑膜炎球菌疫苗和肺炎球菌疫苗等。细菌荚膜多糖具有抗吞噬作用，可保护细菌免受机体吞噬细胞的吞噬。提取细菌荚膜多糖制作的多糖疫苗早已应用。荚膜多糖属于T细胞非依赖性抗原，不需T细胞辅助而直接刺激B细胞产生
IgM类抗体，不产生
记忆细胞，也无Ig的类别转换。
合成肽疫苗（synthetic peptide vaccine）是根据有效免疫原的氨基酸序列，设计和合成的免疫原性多肽，以期用最小的免疫原性肽来激发有效的特异性
免疫应答。目前研究较多的是抗病毒感染和抗肿瘤的合成肽疫苗。