新县制是指国民政府为加强对基层政权的控制而从1939年（民国二十八年）起开始推行所谓的地方行政制度。1938年（民国二十七年）10月，根据国民党中央执委会与国防最高会议的决定，国民政府在四川、湖南、江西、贵州、陕西五省中，各选择一二个县试办“新县制”。“新县制”的原则为“自上而下，逐级健全，层层衔接，脉络贯通”。从1939年12月开始，新县制在国民党统治区开始推广。

清朝末期，实行“新政”，决定在基层实施自治，废除了延续数百年的保甲制度，因此清末民初的县以下乡级基层组织就处于复杂多变和纷乱无序状态。这种状态一直延续到国民党政权建立以后。1928年（民国十七年）9月，南京国民政府第一次公布《县组织法》，规定县以下的组织依次为区-村（里）-闾-邻四级。1929年6月，国民政府又公布了《重订县组织法》，将村里改为乡镇，县以下仍分为四级：区-乡（镇）-闾-邻。具体规定为5户为邻，5邻为闾，百户以上的村庄为乡，百户以上的街市为镇，乡镇户数最高不得超过1000。10至50个乡镇组成一区，每县划分为5到10个区。与此同时，国民政府标榜孙中山所倡导的地方自治，先后制定了各类自治法规。据1蒋介石于1932年（民国二十一年）称，现行自治法规达40种以上，条文共597条，各省颁行的自治单行规程和实施细则尚不在内。按照国民党中央所制定的实施自治的具体计划，在1934年（民国二十三年）底以前应完成县自治。但事实上，这个时期的地方自治与晚清地方自治如出一辙，徒托自治之名而已。区民大会、乡镇民大会以及闾邻居民会议没有一地真正举行过，区及乡镇的监察委员会也有名无实。即使在国民党能控制的长江中下游数省，县以下组织也“徒具形式，毫无内容”，名称紊乱不一，人选更是杂滥。区以下的乡镇闾邻组织松懈，有名无实。

因此，这个时期国民党政权的垂直渗透尚停留在县衙一级。“一切政令逮县之后，即等于具文，无法推进”。一县之大，“仅恃一端拱县城之县长”治理，县长政令甚至难出县衙门。1933年（民国二十二年），行政院农村复兴委员会派调查人员到浙江、江苏等农村调查，在浙江东阳县，调查人员向县府询问该县经济社会情形，而县长以“县府中人素不下乡，故情形并不熟悉”相答。因县长及其佐治人员来自外地，语言不通，平时足不出县衙。这种情形在当时相当常见。为了扭转基层涣散的局面，国民政府决定恢复保甲制度，先在江西试行，1934年（民国二十三年）推行全国，同时在县以下建立区署，作为正式的官僚机构。这是中国几千年来首次在县以下建立正式的行政层级。

但是，各省在实际推行过程中，其县以下的组织名称和层级数亦纷繁互异，有的一省一制，有的一省多制。在长江流域各省，县之下，保甲之上，有的设区、乡镇或区、联保，有的只设区，区之下为保甲，也有的不设区，县以下为乡镇。至于国民政府直接统治的长江流域以外各省，其基层政制之纷歧则更明显。如河北省各县多为县-乡镇-间-邻制，山东为县-乡镇-村制，山西为县-区-村里-闾-邻制，广西为县-区-乡镇-村街-甲制。由于这些省区只是名义上奉国民党“正朔”，县以下基层政权组织自成一体，保甲制度在这些省区并未真正推行。

抗日战争全面爆发后，人力、物力需求猛增，国民政府更加意识到加强基层控制的重要性。1938年（民国二十七年）4月，国民党临时全国代表大会通过了《抗战建国纲领》。明确规定“实行以县为单位，改进并健全民众之自卫组织，施以训练加强其能力，并加速完成地方自治条件，以巩固抗战中之政治的社会的基础，并为宪法实施之准备。”在这种背景下，国民政府就推出了“新县制”。

在国民党五届四中全会上，蒋介石作了《改进党务与调整党政机构关系》的报告，提出在保甲制度的基础上设计的“县以下党政机构关系草图”，并附以详细的图例解释。草案草图发表后，经中央执行委员会和最高国防会议决定，成立县政计划委员会，在川、湘、赣、黔、陕五省选定试办县份。1939年（民国二十八年）1月，国民党五届五中全会决议，“试行新县制之县应予增加”，“新县制应由政府作成条例公布”。同年6月，蒋介石在国民党中央训练团党政训练班作了“确定县各级组织问题”的讲演。这个讲演，根据他1938年（民国二十七年）提出的“县以下党政机构关系草图”，就党政关系、行政组织、民意机关三个问题详加阐述。他说：“本案之根本精神，在于唤起民众，发动民力，加强地方组织，促进地方自治事业，以奠定革命建国的基础”。

根据蒋介石的两个讲演，国民政府于6月在行政院下特设立县政计划委员会，由36名委员并聘任177名专家学者为专门委员，起草了《改进县以下地方组织并确立自治基础方案》。经中央执行委员会、国防最高委员会反复审核修改，改为《县各级组织纲要》，经蒋介石“最后修正”，于9月19日交行政院颁布。为区别之前的县制，这一新制度就称为“新县制”。

《县各级组织纲要》颁布后，国民政府行政院子10月训令各省“同时普遍实行”。12月底，又命令全国各地“应无分敌后和前方后方，一律遵照施行。战地各县，尤须尽量提前完成”；为推进实施，国民政府又颁布了《县各级组织纲要实施原则》，要求“三年中一律完成”。并要求各级党政部门将此列为抗战期间国内“政治上最重大而最切要之问题”。

1940年（民国二十九年）1月，行政院通令全国开始实行新县制。在实施中，国民政府又进行颁布了一批与保甲制度有关的条例，如《警察保甲及国民兵联系办法》、《各县保甲整编办法》、《乡（镇）组织暂行条例》等，使新县制更具体更完备。经过3年实施，原本“一律完成”，但由于种种原因，未能如愿。据国民政府主计处统计局报告，到1942年（民国三十一年）底，在19个省的1469县中，只有944个县才实行了新县制，占64%，调整了1053个县政府，建乡镇公所25069个，保办公处318367个。

鉴于新县制未能如期完成，1942年（民国三十一一年）11月国民党五届十中全会不得不“规定县政中心工作及分期推行地方自治事业之程限”，严令各省县务须在1945年（民国三十四年）底完成新县制。国民党中央强调，在内政上“实施新县制”仍为“全国上下之中心工作”。从1943年起，在国民政府督饬下，各省继续推行新县制。据国民政府主计处统计局公布的数字，到1944年（民国三十三年）底，全国1362个县、局（县级管理局）中，已有1107个实施了新县制，占81.2%，调整区署1266个，建保办公处343823个。至于民意机关，只有少数县“开始筹备工作”，直至1945年（民国三十四年）5月，“各地民意机关迄未建立”。此后随着国共内战爆发，新县制逐渐退出历史舞台。

《县各级组织纲要》分为10章：（1）总则；（2）县政府；（3）县参议会；（4）县财政；（5）区；（6）乡（镇）；（7）乡（镇）民代表会；（8）乡（镇）财政；（9）保甲；（10）附则。计60条。归结起来主要有14项地方自治工作：

纲要强调“县为地方自治单位”。县，则依据其面积、人口、经济、文化、交通等状况分为三等至六等，设县长1人。县政府内设民政、财政、教育、建设、军事、地政、社会等各科。县下为乡（镇）公所、保办公处、甲。乡（镇）设民政、警卫、经济、文化四股。保设民政、警卫、经济、文化干事。甲不设办事处，由甲长执行或开户长会议决定。区的划分以15乡（镇）至30乡（镇）为原则，设区长1人，指导员2至5人。乡（镇）的划分以10保为原则，设乡（镇）长1人，副乡（镇）长1至2人。保的编制以10甲为原则，不得少于6甲多于15甲。甲的编制以10户为原则，不得少于6户多于15户，设甲长1人。

新县制中，区不作为一级行政或自治组织，只是“县府之辅助机关”，其主要任务是“代表政府督导各乡（镇）办理各项行政及自治事务”，只起上传下达，监督辅导地方自治的作用。此外，县还设立合议制的县政会议，以防止县长专权。县还设县参议会，乡镇设乡镇民代表大会，保设保民大会，甲设户长会议，基层干部人员以达到民选为目的。

县长必须为国民党员，县政府的科长、乡（镇）保长均须“经训练合格者”才能充任。县以地方武装自卫、乡（镇）为乡（镇）国民兵队，保为保国民兵队，甲为甲国民兵班、各级队长分别由乡（镇）长、保长兼任。教育方面，乡（镇）设中心学校，保设国民学校。乡（镇）保长兼任校长。学校教师兼任乡（镇）保干事等职。

新县制的“基本指导方针是管、教、卫、养四方面同时并进。所谓“管”就是编查户口，健全机构；“教”就是设立学校、训练民众；“养”就是确定地价、开荒造产、整理财政、开辟交通、推行合作、实施救恤；“卫”就是办理警政，推行卫生。在管、教、养、卫一元化原则下，把行政组织、军事组织、教育组织三位一体，是“新县制”制度结构的一个重要特质。

“新县制”的实行，或多或少也取得了一定成效，对于抗战时期的民众组织和民众动员起到了一定的作用。国民政府总结其作用如下：

“新县制”增加充实了各级机关的组成与功用，从加强地方治理的角度看有其必要性，但也难免增加“吃财政饭”的人员编制（较战前大约增加了一倍左右），加上各种事业的举办，处处需要花钱，在国家财政投入有限的情况下，只能从地方索取，从而增加了地方财政负担，地方官吏再通过各种方式将此转嫁给地方士绅尤其是广大农民，不能不引起地方士绅和农民的强烈不满、抵制乃至反抗，结果，本为加强国民党地方控制力和统治力的“新县制”改革，反在一定程度上减弱了国民党的地方控制力和统治力。