数据区是真正用于存储用户数据的区域。在
FAT32文件系统中，数据区紧跟在第二个
FAT表之后，被划为为一个个的
簇。所以的簇从2开始依次编号，也就是说，在FAT32文件系统中，2号簇的起始位置就是数据区域的起始位置。
FAT32的数据区在文件系统中的具体位置是紧跟在第二个FAT表之后，具体怎么算呢？先确定该文件系统的保留扇区数，再加上两倍的FAT表所占的扇区数，结果就是数据区域的开始位置了。
FAT32文件系统数据区的内容主要由三部分组成：
根目录、
子目录和文件内容。在数据区中是以“簇”为单位来管理这段空间的，第一个簇的编号为“2”。
根目录在文件系统建立时就已经被创建，其目的就是存储子目录或文件的
目录项。
文件系统在创建的时候，还没有存储任何数据，根目录下也没有任何内容，文件系统也只是为根目录分配了一个簇（通常为2号簇）的空间，并将结束标记写入该簇对应的FAT表项，表示该簇已经被分配使用了。这个时候，在根目录分配的空间里没有任何内容，如果在创建文件系统的时候给该磁盘指定了
卷标，就会在根目录下为其建立一个卷标目录项，该目录项占用根目录中的第一个目录项的位置。
在FAT32文件系统中，除根目录在创建文件系统时即被建立并分配的空间外，其他所有的子目录都是在使用过程中根据需要进行建立的。新建一个子目录时，在其父目录中为其建立目录项，在空闲空间中为其分配一个簇并对该簇进行清零操作，同时将这个簇号记录在它的目录项中。
在创建子目录时，为其父目录分配的簇中建立目录项，目录项中描述了这个目录的起始簇号。在为子目录建立目录项的同时，也在为子目录分配的簇中，使用前两个目录项来描述它与父目录的关系。其中一个是“.”
目录项，它描述该子目录本身的一些信息；另一个是“..”
目录项，它描述的是该子目录的父目录的相关信息。通过这种方式，就在子目录和其父目录间建立起了联系。
在FAT32文件系统中，根据结构不同可以讲目录项分为四种：卷标目录项、“.”目录项和“..”目录项、短文件名目录项和长文件名目录项。短文件名目录项是最重要的
数据结构，其中存放着有关子目录或文件的短文件名、属性、起始簇号、时间值以及内容大小等信息。