摩尔多瓦国旗呈长方形，长宽比例为2:1。蓝黄红三条纵旗，中央配上国徽。蓝黄红三色源自罗马尼亚国旗，代表摩尔多瓦与罗马尼亚是共同的民族。国徽中金色的雄鹰口衔十字架，左爪持一根象征权威的权杖，右爪拿着象征和平的橄榄枝。黄色的牛头象征正义，牛头上方的黄色八角星代表国家主权。

本国旗启用于1990年4月27日。

摩尔多瓦国旗也是少数如沙特阿拉伯国旗及巴拉圭国旗一样采用正反不同旗面的国旗。

摩尔多瓦的军旗与国旗采用了同样的颜色。旗面以蓝色作为背景色，中间为一个黄边红十字及摩尔多瓦军队的徽章。红十字代表圣乔治，为中世纪摩尔多瓦军队的保护圣徒。军旗的比例为2:3。

旗面中的军队徽章和国徽相似。不同的是，军队徽章的周围添加了橄榄枝、橡树枝和蓝红黄三色的彩带。此外，图案中的鹰的舒展双翼，右爪中本来持有的树枝被换成了长剑。

此旗于1990年起启用。

苏联时期的国旗

1940年，历史上摩尔多瓦的一部分：比萨拉比亚和布科维纳被迫脱离罗马尼亚，成为原苏联的一个加盟共和国，1953年起采用带有五角星、镰刀、铁锤图案，中间有绿色宽条通过旗面的红旗。（这面旗帜如今作为事实独立于摩尔多瓦所谓“德涅斯特河沿岸摩尔达维亚共和国”的国旗，只是一度去掉了镰刀锤子。）1990年6月改国名为摩尔多瓦苏维埃社会主义共和国，11月3日启用上述新国旗。1991年5月23日改国名为摩尔多瓦共和国。

与罗马尼亚国旗的渊源

由于摩尔多瓦在历史上就是罗马尼亚的一部分，所以新国旗的制定参照了罗马尼亚，旗地的蓝黄红三色与罗马尼亚国旗相同。旗帜上的国徽同时也是政府盾徽，由瓦拉几亚鹰与摩尔多瓦盾组成，这也与罗马尼亚国徽相似。

摩尔多瓦在从苏联独立后以摩尔多瓦语（罗马尼亚语）为国语，而且一直在谋求与罗马尼亚合并，但是受到俄罗斯等国的反对，更有德涅斯特沿岸地区政权（俄罗斯族为主）的强大阻碍。