指示种是指这样一类物种，其生物学或生态学特性（如出现与缺失、种群密度、传布和繁殖成功率）可表征其他物种或环境状况所具有的，如中国南方山区的蜈蚣草可用于指示土壤的石灰性，芒萁指示土壤的酸性( pH 4.5~5.5)，盐角草指示土壤的强盐性。但是指示种难以直接测度或测度费用太高的特征参数。

指示种是指可以代表群落演替系列中某个阶段的特征或可用来判断自然环境的类型和特点的物种，通常狭适性种类比广适性种类好。生物量较大而稳定的种类经常比小的种类要好。

理想指示种的特性依靠具体的监测目标而定，通常包括：①监测的可操作性；②对感兴趣的“压力”的敏感性；③常见的；④世代短；⑤有时候在群落功能中起关键作用。

指示种具有严格的、一定生态要求特征的一些种可用作认别环境的特征。指示种的补偿和适应的能力以及数量也是可靠的指示，特别是物种间和生物群落之间的数量关系是比较可靠的指示，整体比部分能更好地反映环境条件的整合作用。例如蜻蜓往往与一定水域类型相联系。它的幼虫正常发育，需要很多食物，可以作为一种指示种。如果水域岸边有大量蜻蜓，可以肯定该水域具有丰富的动物种类。再如利用种的专门统计表中所划分的“腐泥生物带”，可以确定水的污染程度。树干上地衣的消失，是空气中二氧化碳含量增加的标志。根据植被的特征，可以诊断因过度放牧所造成的天然草甸的逐渐退化。在比利牛斯山山谷的肥沃牧场，原来富有三叶草和禾本科植物，因夏季过度放牧，后来逐渐变成长满灰羊茅的贫瘠草甸。

指示种的应用可大致地分为三类：

⑴反映环境污染的发生及影响的指示种

如果一个指示种对特定干扰的反应，以一种可预测的方式和比率出现，因果关系清楚，则该指示种的反应表现可用于观测环境变化的程度。指示种应具有敏感性，可反映一种干扰的各种效应。如果能很好地确认某一特定指示种的因果关系，对于监测环境污染相当有用。但是要为某立地确认一个好的指示种很困难，这是因为：①生态系统过程相当复杂，因果关系可能不太清楚；②有关的污染物可能对一系列的物种产生影响，要监测对干扰最敏感的物种（指示种）的表现较困难；③绝大多数的敏感种对环境中的其他污染也具敏感性。鉴于这些因素，多重指示种的确认和应用非常必要。

⑵反应其他种群发展趋势的指示种

指示种一直被普遍地应用于管理活动中，指示什么时候环境变化将引发未来种群的波动。在评价不同管理活动对更大种群的影响时，这类指示种具有潜在的应用价值。但要认识到，只有当指示种与更大的种群之间存在较好的相关性时，应用指示种评估其他种群的状态才会有效。

⑶反映其他种或群体生境质量的指示种

这类指示种对生境非常苛求，所以要有选择地加以应用。利用各种指示物反映生境质量的变化时，必须证实所选种与研究的生境特殊属性之间有清楚的关系，而且这些特殊属性已被确认对于维持生态系统功能极为关键。在这类指示物中，指示种的密度为最常用的生境质量测定指标。

应用指示种评价生态系统状态，对于回答管理实践的效果和干扰等问题较为有效，尤其当时间和经费很有限时，有效性更加明显。应该认识到，一个特定种出现可指示存在一定的适宜特定种的微生态条件。但是，要确定一个种的显著缺少会对系统产生什么样的重要影响却非常困难和复杂。一个种的缺少可能是由于：①环境条件不适宜；②没有机会在该地定居，如果引进，则可存活下来；③其他种已承担了功能角色或已占据了生态位；④当一个种以低密度存在时，种的缺少可能是抽样误差的结果。采用指示种方法时，并未注意生态系统过程是如何随干扰而变动的，也未关注种与生态系统结构或功能之间的关系。

评价和监测某个生态系统及其组成时，利用指示种非常有效，但不应作为惟一的方法而单独使用。指示种方法有其不足之处，如果以此作为初始的研究方法，则所进行的一系列研究中肯定会带有局限性。所以，采取指示种方法时，应注意如下局限性：

①生态系统过程非常复杂，仅依靠一个敏感种表达系统变化不可能展现出清楚的因果关系图；②确定适宜的种仍有问题。确定一个种缺少时，将对系统产生什么样的重要影响是一个相当复杂的过程。③一般假定，在指示种和大的种组之间具有种群趋势的相关性，但这个假定常常是不正确的。