太平真君三年（442年）十月初六日，太武帝封拓跋余为吴王。
太平真君十一年（450年）七月，
南朝宋辅国将军萧斌之侵犯北魏的济州，宁朔将军
王玄谟攻打北魏的滑台。九月，太武帝率兵南征南朝宋，命皇太子
拓跋晃北伐
柔然，屯兵于大漠南面，吴王拓跋余留守京城。
正平二年（452年）三月（《
资治通鉴》作二月）初五日，
中常侍宗爱弑杀太武帝。尚书左仆射
兰延、侍中和疋、侍中
薛提等人，没有宣布太武帝的死讯。兰延、和疋二人商议认为太子拓跋晃之子
拓跋濬年纪尚小，打算立太武帝第三子东平王
拓跋翰为帝，于是，征召秦王拓跋翰入宫，把他安置在一个秘密房间里。但薛提却认为拓跋浚是嫡亲皇孙，不应该废黜，应当选为继位人，而另外求取国君。兰延等人反复讨论很久也没有决定下来。宗爱得到消息，自认为他已得罪于太子拓跋晃，而平时一向就讨厌秦王拓跋翰，只跟拓跋余关系密切，于是，他就把拓跋余秘密迎来，从中宫小门进入后宫，然后，他假传
赫连皇后的命令，召见兰延等人入宫。兰延等人认为宗爱的地位一向很低，所以根本没有怀疑，全都跟随宗爱进宫。宗爱事先安排三十名
宦官手持武器在宫中埋伏起来，兰延等人入宫，就把他们捆绑起来并在殿堂上杀死。宗爱又在永巷杀死拓跋翰，而拥立拓跋余为登基。
拓跋余登基后，实行大赦，改年号为
永平（或作承平），尊赫连皇后为皇太后。拓跋余授任宗爱为
大司马、大将军、
太师、都督中外诸军事，兼任中秘书，封为冯翊王。
拓跋余自认为自己没有按照长幼顺序当的皇帝，就用极为优厚的东西赏赐给下属，打算以此收买人心，一个月的时间，国库被动用一空。加之拓跋余自己喜欢喝得酩酊大醉，纵情声色、犬马，喜欢去野外狩猎，出入没有限度。拓跋余也不过问国家大事，边境告急，他不出兵救助，致使百姓愤恨。而宗爱自从拥立拓跋余之后，身居宰相高位，总管三省政务，负责皇家的安全事务，随意召唤公卿大臣，专权跋扈，一日比一日厉害，朝廷内外都畏惧他。在当时人们的心目中，都认为宗爱必定会像
赵高、
阎乐篡权的危险。拓跋余深为不安，怀疑宗爱将要作乱，就想谋划削夺他的大权，宗爱知道后非常愤怒。
魏收《
魏书》：“尤好弋猎，出入无度。边方告难，余不恤之，百姓愤惋，而余晏如也。”