的场一佐(
鹿贺丈史饰)等30名自卫队员，因驻屯地事故而时间跳跃至战国时代1549年开始， 的场的原属下 鹿岛(江口洋介饰)与造成事故的神崎(铃木京香)为拯救的场一行，也来到战国时代， 却发现的场想代替织田信长而改变历史。拯救行动展开，由鹿岛（
江口洋介饰）及神崎（
铃木京香饰）率领救援大军穿越时空，抵达後却发现特种部队竟然统领千军万马，建造兵工厂，准备在1549年发动大战，决意利用先进核武改写人类历史，届时现代世界一切将会消失殆尽，甚至全球崩坏。时空大门的开启时间只剩馀74小时，鹿岛能否及时阻止这场浩劫。
福井晴敏的畅销科幻小说《战国自卫队》第二度被改编拍成电影。福井晴敏的小说多以国家命运、自卫队存在方式和国家危机管理为主题，小说颇得日本右翼的好感，政府出钱拍成电影，日本自卫队员“友情出演”。
《战国自卫队1549》是一种黑色幽默，让现在的自卫队员与日本历史上的著名将军织田信长作战，双方力量十分悬殊，一边用的是坦克，一边用弓箭，但稍不注意就会有自卫队员死在弓箭之下。这很容易让人联想起日本派兵伊拉克，将来自卫队还要到未知的地方去，这里隐含着自卫队应该怎么办的主题。