总鳍鱼亚纲是硬骨鱼纲的一个类群，也曾作为肉鳍鱼类的一个目。包括扇鳍鱼类和空棘鱼类两种类型。

硬骨鱼纲的一个类群，也曾作为肉鳍鱼类的一个目。包括扇鳍鱼类和空棘鱼类两种类型。始于早泥盆世，其中扇鳍鱼类于晚石炭世绝灭。空棘鱼类亦曾被认为于早三叠世绝灭。1938年，在南部非洲东海岸印度洋水域发现现生代表——矛尾鱼。

总鳍鱼类通常具两个背鳍，偶鳍具肉质鳍基及不对称的内骨骼支持，尾鳍歪型或原型。曾一度被公认为所有总鳍鱼类均具有与四足动物内鼻孔同源的构造，矛尾鱼发现后，对化石空棘鱼类的重新研究推翻了空棘鱼类具有内鼻孔的观点，长期被认为是四足动物祖先的扇鳍鱼类是否具有内鼻孔，亦成为颇有争议的问题。

扇鳍鱼类和空棘鱼类有显著差别，将二者归于总鳍鱼类的主要根据是脑颅被颅中关节分为前、后两部。总鳍鱼类的颅中关节使脑颅前、后部在背腹方向上具有程度不等的活动性，其适应意义可能与摄食有关。

空棘鱼类尾鳍一般为原型，除上、下叶外，尚具一中轴叶，鳍条不分叉，且数目少于扇鳍鱼的相应鳍条。不具上颌骨、鳃条骨及喉板骨。具钙化的鳔。

空棘鱼类繁盛于中泥盆世至早三叠世，仅一种矛尾鱼存活至今。

扇鳍鱼类的化石记录自早泥盆世至早二叠世。由于这一类群长期以来被认为与四足动物起源问题有关，它的解剖构造和亲缘关系始终是古生物学中争论不休的研究领域。中国云南早泥盆世的先驱杨氏鱼的脑颅，已用连续磨片法进行了研究，成为世界上第五个用这种方法研究的总鳍鱼类化石。扇鳍鱼类脑颅骨化程度很高。具圆锥形齿，其替换方式及釉质褶皱式样与四足动物中的迷齿两栖类相近。某些扇鳍鱼类的颅顶骨片式样及偶鳍近端内骨骼构造的情况亦与早期四足动物相近。这些相似性状以及认为扇鳍鱼类具有内鼻孔的传统看法，使扇鳍鱼类构成四足动物祖先的观点为生物界所接受。但始终无法确定扇鳍鱼类中的那类可以成为四足动物的祖先。有空棘鱼人认为骨鳞鱼类是无尾两栖类的祖先，孔鳞鱼类是有尾两栖类的祖先。多数古鱼类学家认为，只有骨鳞鱼类才是四足动物的祖先。近来还有些学者认为四足动物的内鼻孔与鱼类后外鼻孔同源的观点等。