德州检验检疫局前身为德州进出口商品检验局，成立于1995年10月28日。1999年11月28日，经国家检验检疫局批准，正式成立“德州出入境检验检疫局”增加了出入境动植物检疫和卫生检疫职能，实现了“三检合一”，是国家质量监督检验检疫总局设在德州的分支机构，正处级行政单位，隶属山东出入境检验检疫局，实行垂直管理体制。

依照《中华人民共和国进出口商品检验法》及其实施条例、《中华人民共和国进出境动植物检疫法》及其实施条例、《中华人民共和国国境卫生法》及其实施条例、《中华人民共和国食品卫生法》等法律法规，承担辖区内出入境卫生检疫与进出口食品卫生监督检验，动植物检疫和进出口商品的检验，对涉及健康、卫生、安全、环境保护以及国计民生关系密切的出入境重要对象进行监管；对出入境人员、交通工具、集装箱和应检物品进行监管和检验检疫。

德州出入境检验检疫局内设8个科室：办公室、法制与综合业务科、检务科、动植物检验检疫科、轻纺机电检验科、财务科、后勤保障科、技术中心。

办公室工作职能：分管文档密、人事、财务、思想政治工作、精神文明建设、廉政建设以及其他行政事务管理。

综合科工作职能：负责法制工作，综合业务协调、督查，综合体系管理，绩效考核，国外退运、通报调查及科技工作。

检务科工作职能：分管出入境报检签证、产地证业务、报检员注册、报检单位备案登记、“两证”认证等工作。

动植物检验检疫科工作职能：分管动物及其产品检验检疫、植物及其产品检验检疫、食品检验检疫、出口卫生注册评审、进出境集装箱检疫、木质包装检疫等工作。

轻纺机电检验科工作职能：分管纺织服装类、棉花、化矿五金类产品、废物原料等产品的检验检疫工作；质量许可证、强制认证等工作；运输包装性能检验、危包使用鉴定等工作。

财务科工作职能：负责机关及所属单位财务核算及收费管理。

后勤保障科工作职能：负责全局后勤保障等工作

技术中心工作职能：负责进出境动植物及其产品以及食品中微生物、生物毒素、农药残留、兽药残留、重金属等有害物质常规理化项目的法定检验检测和外部委托检测业务。

2017年11月，德州出入境检验检疫局获得中央精神文明建设指导委员会授予的“第五届全国文明单位”荣誉称号。

德州市德兴中大道1269号