《微生物学通报》1974年创刊，是由中国科学院主管、中国微生物学会和中国科学院微生物研究所主办、中国国内外公开发行的以微生物学应用基础研究及高新技术创新、应用为主的综合性学术期刊。

1974年，《微生物学通报》创刊，为季刊。

1978年，改为双月刊。

2008年，改为月刊。

2012年4月20日，《微生物学通报》第九届编委会第一次会议在合肥安徽大学举行。

2014年10月，该刊入选原国家新闻出版广电总局第一批认定学术期刊。

2017年7月20日，《微生物学通报》第十届编委会第一次会议在河北省保定市河北大学举行。

中国科学院微生物研究所成立于1958年12月3日，其前身是中国科学院应用真菌研究所和中国科学院北京微生物研究室，是综合性微生物学研究和微生物技术研发机构。截止到2017年底，全所在编职工477人，其中中国科学院院士6名，国家杰出青年基金获得者12名。据2018年5月研究所官网显示，微生物研究所设有2个一级学科、5个二级学科专业博士、硕士学位研究生培养点，设有生物工程领域专业硕士学位研究生培养点、3个二级学科专业博士后流动站；设有3个国家重点实验室、2个中国科学院重点实验室；拥有亚洲最大的、近52万号标本的菌物标本馆和中国国内最大的、保藏了近6.1万株菌的中国普通微生物菌种保藏管理中心，图书馆藏书（刊）5万余册。

中国微生物学会是由全国微生物学科技工作者和单位自愿组成、中华人民共和国民政部依法登记的全国性、学术性、公益性法人社会团体成立于1952年12月18日。据2018年5月学会官网显示，学会有会员近1.6万人、设21个专业委员会和5个工作委员会。

《微生物学通报》刊登内容涉及工业、环境、农业、食品、兽医、药物、医学微生物学，微生物蛋白质组学、功能基因组、工程与药物、技术成果产业化研究，以及微生物学教学研究改革等诸多领域。

《微生物学通报》设置的栏目有：研究报告、研究快报、简报、专论与综述、生物实验室、高校教改纵横、名课讲堂、主编点评、显微世界以及企业高科技信息与新产品介绍、专题专栏、专家论坛、书讯、会讯等。

《微生物学通报》的读者主要来自科研院所、大专院校、医院、卫生防疫（检疫监察部门）、生物工程公司、环境保护、企业厂矿等单位。发行范围涵盖教育、科研、工业、农业、医药、环境、食品保健等领域。

据2018年5月《微生物学通报》官网显示，《微生物学通报》第十届编委会拥有6位常务编委、40位编委。

据2018年5月20日中国知网显示，《微生物学通报》共出版文献8915篇。

据2018年5月20日万方数据知识服务平台显示，《微生物学通报》共载文4943篇。

《微生物学通报》被CA化学文摘（美）（2014）收录，是CSCD中国科学引文数据库来源期刊（2017-2018年度）（含扩展版）、北京大学《中文核心期刊要目总览》来源期刊（1992年（第一版）、1996年（第二版）、2000年版、2004年版、2008年版、2011年版、2014年版）。

据2018年5月20日中国知网显示，《微生物学通报》总被下载1857309次、总被引次数82325次，（2017版）复合影响因子为1.336、（2017版）综合影响因子为0.933。

据2018年5月20日万方数据知识服务平台显示，《微生物学通报》被引量为46533、下载量为133223；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《微生物学通报》影响因子为1.052，在全部统计源期刊（6735种）中排第945名，在生物科学（93种）中排第14名。

据中国科学技术信息研究所信息统计，《微生物学通报》2012、2013、2014、2015、2016年以国内“微生物、病毒学类”期刊中综合评价总分第一名而连续获得“百种中国杰出学术期刊奖”，并入选300种“中国精品科技期刊”，成为“中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊。

2014-2016年，《微生物学通报》进入中国科学院期刊排行榜。

2015年，《微生物学通报》获得中国科协精品科技期刊工程项目资助。

2017年10月，中国科学技术信息研究所发布了《2017年版中国科技期刊引证报告（核心版）》，《微生物学通报》荣获“2016年百种中国杰出学术期刊”奖项，这是《微生物学通报》连续5年获该奖项。

《微生物学通报》为微生物学及相关领域学者专家提供学术成果、高新技术及教改经验交流的平台，同时让作者和读者享受到高效认真、热情周到的服务。