微生物所处的微小环境称为微环境，每个微环境只适合某种或某类微生物的生长繁殖，而不适合其它微生物的生长从而形成的群落结构，称为微生物区系。根据微生物生长繁殖的环境，可分为土壤微生物区系、肠道微生物区系等。

设施土壤是一个人为干扰作用强、相对密闭的独特环境。土壤利用方式、土壤肥力以及土壤环境状况对土壤微生物生长发育有较大影响，，许多学者研究了不同种植年限设施土壤微生物区系的变化，有微生物数量随种植年限增加而持续增加和先增加后降低两种结论。出现不同结论的原因可能与很多因素有关，如采样时间、采样深度、采样点肥力水平差异等，因为不同采样时间和不同采样点，土壤的理化性状、土壤温湿度、土壤pH值、土壤有机质含量、土壤肥力水平等特性的差异等都在一定程度上对土壤微生物产生较大影响,但更重要的一个原因可能是与所采样品的最高种植年限有关，最高种植年限不同，土壤理化性状的变化也不同，土壤的结构、通气性、水分状况、养分状况等对土壤微生物均有重要影响。有研究表明，土壤中真菌数量增加而B/F比值减小，将不利于作物的生长；是大棚土壤土传病害增加的可能原因之一。

土壤中微生物区系的变化是土壤质量变化的主要参数之一。不少学者研究认为，随种植年限增加会使土壤从细菌型向真菌型转化，导致地力衰竭,真菌数量越多土壤肥力越差。实验发现，B/F值随大棚使用年限升高,微生物区系并未从“细菌型”向“真菌型”转化，使用20a的大棚土壤微生物区系仍然保持良好的状态，土壤环境质量仍然较高，由此可见，大棚种植年限对土壤微生物的影响比较复杂；种植年限对土壤微生物的影响及其与土壤质量间的关系尚需进一步研究。

经济作物连作后土壤微生物生态平衡被打破，土壤微生物区系病态化，通过施用微生物有机肥可以调控土壤微生物区系，使病态土壤逐步恢复往日的“容貌”，从而达到防治连作土传病害的目的。这是一项资源节约、环境友好，有利于农业可持续发展的重要技术，其应用前景十分广阔。

正常菌群(normalflora)是指在正常人体皮肤、黏膜以及人体与外界相通的各种腔道(如口腔、鼻咽腔、肠道和泌尿生殖道)等部位寄居，对人体无害的微生物菌群，包括细菌、真菌、螺旋体、支原体等。正常菌群与人的健康和疾病间存在有密切的关系，它们发挥着很多重要功能，例如刺激人体免疫系统，协助机体的消化、吸收等功能。

益生菌作为一种活的有机体能够耐胃酸及肠消化液而进入人体肠道，通过其生长增殖及各种代谢作用促进肠内细菌丛的正常化，抑制肠内腐败物质的产生，抑制有害菌生长。同时益生菌可以占据宿主动物消化道的定植位点，从而降低其他微生物(病原)的侵染机会。大肠杆菌作为肠道条件致病菌在菌群失衡的情况下使机体免疫力降低，引起肠道疾病。肠杆菌和肠球菌是肠道内的条件致病菌,其中大多数是肠道的正常菌群，但当宿主免疫力降低或细菌移位至肠外部位时可成为条件致病菌而引起疾病；少数为病原菌。

瑞士乳杆菌能够调节肠道正常菌群和有害菌群之间的比例，维持肠道微生态环境的平衡。通过对灌喂瑞士乳杆菌和大肠杆菌小鼠肠道微生物菌群的比较，瑞士乳杆菌对肠道乳酸菌和双歧杆菌具有显著的增殖作用，对肠杆菌和肠球菌等条件致病菌的生长有一定的抑制作用，能够有效地降低肠道内大肠杆菌的数量。有力地证明了益生菌对小鼠肠道微生物区系的调节作用，对肠道内有益微生物菌群增加、致病微生物减少。而大肠杆菌对小鼠肠道黏膜免疫起到反作用，和国内外的相关研究结果相一致。

利用454测序技术进行土壤微生物区系的评估，弥补了传统培养中微生物多样性信息丢失的弊端。并且，454测序通量高，灵敏度好，可以检测到土壤中痕量的微生物，能够更真实可靠地反映土壤微生物的原始组成情况。

随着454测序读长的延长，在生物信息学的帮助下，对土壤中微生物分类地位的确定可以更加精确。因此，454测序技术对于更深入研究土壤微生物多样性将具有里程碑的作用。

454测序技术为我们构建健康或高产土壤的微生物区系提供了技术保障而多功能微生物有机肥的不断问世则使调控土壤微生物区系成为真正的可能。在防治土传病害方面，只要掌握以防为主、防治结合的原则，将微生物有机肥作为健康土壤的“保健品”和病态土壤的“良药”来使用，必将对我国土壤生物肥力和性状的保持起到良好的作用。