北宋太宗三年，将
尚药局的内药院更名为“御药院”，隶属
内侍省，
崇宁二年又改归
殿中省。这样便形成了尚药局、御药院共同供奉御药的局面。御药院以入内供奉官掌管。
宋徽宗二年，增置内臣监官为御药院的奉御，以院官使为医师，以医官使为御医；医官副使为医正，医官为医佐；杂役秤子、捣碾子类为药工。
御药院主要职能有：保管、加工、炮制国内外进贡到宫廷的药物，组织采购药材；奏敕出使颁赐施散药物，若大臣有病，皇帝常派出御药院的医官前去赐药，在疫病流行之时，御药院也经常和
翰林医官院共同派医官赴灾区送药；有时御药院掌礼文兼受行典礼及贡举之事；御药院和
尚药局共同负责御药的供奉。御药院之设立，使得北宋全国性药材管理工作获得加强，这与设立
翰林医官院同样是北宋医药管理机构改革的成果。
金朝宫廷内设有尚药局、御药院，其中尚药局隶属
宣徽院。金朝攻占
北宋汴京，掳回
宋徽宗、
宋钦宗的同时，还掳回北宋宫廷的诸科医生数百人，还有不少医书及药品，其中仅北宋
太医局的灵宝丹便有28700贴。
元朝初期，随着贡来的药品增多，遂在
至元六年设立御药院，负责管理药品制作及储存，“秩从五品，掌授各路乡贡，诸蕃进献珍贵药品，修造汤煎。”这时仍然设有
尚药局，后来由于
尚食局和尚药局常在药膳方面发生联系，故在
至元二十年（1354年）省并尚药局为
尚食局。此后御药院和
太医院共同形成了元朝医药管理的最高机构。