前秦建元十四年(378年),他向前秦宣昭帝
苻坚献策,请求重点进攻淮南,以便直取
东晋首都建康,消灭东晋。于是苻坚任命他为都督东讨诸军事,节制伐晋大军,向淮南进攻东晋,同时与荆州方面的长乐公
苻丕策应。次年因战事失利而与部将俱难结怨,俱难告发彭超指挥不当,彭超下狱后自尽,俱难则被苻坚削职为庶民。
根据北魏
郦道元所著《
水经注》的记载,前秦建元十二年(376年),时任
兖州刺史的彭超在
濮阳城南的
邓艾庙立碑纪念这位同样做过兖州刺史的三国名将。孰料三年后他没能仿效
邓艾灭蜀一般灭晋,却被同僚进谗死于狱中,这点倒和邓艾相似。